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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001425

染色体: Chr04 坐标: 23197457-23216296 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001425
名称SmilChr04G001425
描述copper-transporting ATPase PAA1, chloroplastic
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向23197457 - 23216296 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131019457
GeneID131019457
locus_tag-
NCBI NameLOC131019457
原始查询SmilChr04G001425

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述copper-transporting ATPase PAA1, chloroplastic
产物copper-transporting ATPase PAA1%2C chloroplastic
ArabidopsisAT4G33520 (PAA1)
P-type ATP-ase 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829490]
identity=70.6; qcov=0.839; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0178100 (OsHMA6)
-
identity=41.7; qcov=0.869; evalue=4.57e-176; confidence=medium
GOGO:0005507 (copper ion binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006812 (monoatomic cation transport); GO:0016020 (membrane); GO:0016887 (ATP hydrolysis activity); GO:0043682 (P-type divalent copper transporter activity); GO:0055070 (copper ion homeostasis)
KEGGsmil04016 (MAPK signaling pathway - plant - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00122 (E1-E2_ATPase); PF00403 (HMA); PF00702 (Hydrolase)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131019457

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057803990.1
2 Chloroplast membrane 叶绿体膜 1.00000 XP_057803990.1
3 Chloroplast stroma 叶绿体基质 0.20000 XP_057803991.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057803990.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803990.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:23199045 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C5
Chr4:23199777 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C33
Chr4:23200287 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C11,C69
Chr4:23201959 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B38
Chr4:23202976 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B48,B60,C35,D10,D4
Chr4:23202998 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B125,B90,B92,C87
Chr4:23205453 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B129,B89,C26
Chr4:23206240 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B50
Chr4:23207606 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B140,B50,C48
Chr4:23207706 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B34,C76,D1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803990.1
949 aa
N
1
474
949
HMA
E1-E2_ATPase
Hydrolase
C
PF00403 HMA 136-203 aa PF00122 E1-E2_ATPase 367-472 aa PF00702 Hydrolase 579-810 aa
XP_057803991.1
863 aa
N
1
432
863
HMA
E1-E2_ATPase
Hydrolase
C
PF00403 HMA 136-203 aa PF00122 E1-E2_ATPase 367-472 aa PF00702 Hydrolase 579-810 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057803990.1 Pfam PF00403 HMA Domain 136 203 3.4e-10 40.9 Heavy-metal-associated domain
XP_057803990.1 Pfam PF00122 E1-E2_ATPase Domain 367 472 3.5e-25 88.5 P-type ATPase actuator domain
XP_057803990.1 Pfam PF00702 Hydrolase Domain 579 810 1.2e-28 101.5 haloacid dehalogenase-like hydrolase
XP_057803991.1 Pfam PF00403 HMA Domain 136 203 2.9e-10 41.1 Heavy-metal-associated domain
XP_057803991.1 Pfam PF00122 E1-E2_ATPase Domain 367 472 3e-25 88.7 P-type ATPase actuator domain
XP_057803991.1 Pfam PF00702 Hydrolase Domain 579 810 1e-28 101.8 haloacid dehalogenase-like hydrolase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057948007.1
AAAATTTATTGCATCAAAGATGAAAAACGTGCTTCTCTTGGAAAACGGAATAGGCCCACGTGCTTCACTCCTCTCTCTCTCTCTCATCAGCCACAGAAGAAGGAGCAACTCACAGTCTCACACCTATCCCTCCTACCTCTACGCACACTGAATCTGGAGCGACGAGAAATCGGAAAATGGAGTCAACAATGCTCTCACTCGGCGCTTCAACAATGTCAATTTTGCTCCTCTCCAAGTCTCGTAATTCCCATTCTACCCCT...
XM_057948008.1
AAAATTTATTGCATCAAAGATGAAAAACGTGCTTCTCTTGGAAAACGGAATAGGCCCACGTGCTTCACTCCTCTCTCTCTCTCTCATCAGCCACAGAAGAAGGAGCAACTCACAGTCTCACACCTATCCCTCCTACCTCTACGCACACTGAATCTGGAGCGACGAGAAATCGGAAAATGGAGTCAACAATGCTCTCACTCGGCGCTTCAACAATGTCAATTTTGCTCCTCTCCAAGTCTCGTAATTCCCATTCTACCCCT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131019457
ATGGAGTCAACAATGCTCTCACTCGGCGCTTCAACAATGTCAATTTTGCTCCTCTCCAAGTCTCGTAATTCCCATTCTACCCCTCTCATTGCGCACCTCCATCGCCGCTTCTCCTCCACTCTCCCCATTCAGCTCGCTCACCTTCAGCTCAGGCGCTGCGTCGAGTCGGCCCAATCCGGACCGGGTTATTTGCTGAGGGTATCGGACCTACGCCCGAACCGGTCGCAGTTATCCGCGAGGTATTCGGTGTCGAGTGCGTC...
LOC131019457
ATGGAGTCAACAATGCTCTCACTCGGCGCTTCAACAATGTCAATTTTGCTCCTCTCCAAGTCTCGTAATTCCCATTCTACCCCTCTCATTGCGCACCTCCATCGCCGCTTCTCCTCCACTCTCCCCATTCAGCTCGCTCACCTTCAGCTCAGGCGCTGCGTCGAGTCGGCCCAATCCGGACCGGGTTATTTGCTGAGGGTATCGGACCTACGCCCGAACCGGTCGCAGTTATCCGCGAGGTATTCGGTGTCGAGTGCGTC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057803990.1
MESTMLSLGASTMSILLLSKSRNSHSTPLIAHLHRRFSSTLPIQLAHLQLRRCVESAQSGPGYLLRVSDLRPNRSQLSARYSVSSASGGGGFGGIDGGSGGGGGGDGSPGSGDAKPGVVAAGAADGAALSSDVIILDVGGMTCGGCAASVRRILESQPQVSSASVNLTTETAIVWPVSEAKVAPNWKKEVGEALAKHLSSCGFTSNLRDLRRMNFHETFEKKMNEKHALLKESGRGLVVSWALCAVCIFGHISHFFGANA...
XP_057803991.1
MESTMLSLGASTMSILLLSKSRNSHSTPLIAHLHRRFSSTLPIQLAHLQLRRCVESAQSGPGYLLRVSDLRPNRSQLSARYSVSSASGGGGFGGIDGGSGGGGGGDGSPGSGDAKPGVVAAGAADGAALSSDVIILDVGGMTCGGCAASVRRILESQPQVSSASVNLTTETAIVWPVSEAKVAPNWKKEVGEALAKHLSSCGFTSNLRDLRRMNFHETFEKKMNEKHALLKESGRGLVVSWALCAVCIFGHISHFFGANA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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