Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001432

染色体: Chr04 坐标: 23350826-23353465 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001432
名称SmilChr04G001432
描述uncharacterized SmilChr04G001432
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向23350826 - 23353465 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131019467
GeneID131019467
locus_tag-
NCBI NameLOC131019467
原始查询SmilChr04G001432

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述alpha/beta-Hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830802]; symbol=AT5G09430; hit=AT5G09430; species=arabidopsis; confidence=high
产物alpha/beta-Hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830802]; symbol=AT5G09430; hit=AT5G09430; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT5G09430 (AT5G09430)
alpha/beta-Hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830802]
identity=64.5; qcov=0.852; evalue=5.72e-152; confidence=high
RiceOs07g0622700 (P0524E08.104)
-
identity=48.4; qcov=0.857; evalue=5.68e-103; confidence=high
GOGO:0003824 (catalytic activity)
KEGG-
PfamPF00561 (Abhydrolase_1); PF12697 (Abhydrolase_6)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131019467

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057803999.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057803999.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803999.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057803999.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057803999.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:23351104 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C39
Chr4:23351171 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B58,B59,B63,C85
Chr4:23351271 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B100
Chr4:23352704 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C21
Chr4:23352946 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B23
Chr4:23352977 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B27,C43,C70,C86
Chr4:23353018 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B139,C18,C22,C44

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803999.1
357 aa
N
1
178
357
Abhydrolase_1
Abhydrolase_6
C
PF00561 Abhydrolase_1 50-285 aa PF12697 Abhydrolase_6 52-290 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057803999.1 Pfam PF00561 Abhydrolase_1 Domain 50 285 1.7e-27 97.4 alpha/beta hydrolase fold
XP_057803999.1 Pfam PF12697 Abhydrolase_6 Domain 52 290 3.8e-18 67.6 Alpha/beta hydrolase family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057948016.1
CCATCCACAAATGAACTACATATGTTCATCTCTAATTTTCCATTACATAGAAAAAAAGAAAAAAAACAAAAAAAACGAGAGAGAGAGAAAATCCATTCCATTTCTCCCATACATATTTGCGCGTGTGTATGTGCGTGTATGTATGTGCTTTCCACTCCCATACACAATATATTACGTATCCAATTTCTGTGTGTCTTTAGGGTGCAATATATTAAGCAATAGGTGTTGTGTCTCTGCTGCGTAATAATATATATATACAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131019467
ATGGCCCGTTGCCTGAGCCTGACCGGGTCTGCGGACTTTCTATACCGGAGCTTCTTCTCATATTCGGGGCTCCGATCGATGAAAACGGAGATCCAAGACGGGACGGTGATGCACTGCTGGGTGCCGAAGAGCCACAAGGCGTCGAAACCGAACCTGGTGCTGGTGCACGGGTTCGGGGCCAACGCCATGTGGCAGTACGGCGATCTCCTCCACCACCTGATGCCGCGCTTCAACATCTACGTCCCCGACCTCCTCTTCTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803999.1
MARCLSLTGSADFLYRSFFSYSGLRSMKTEIQDGTVMHCWVPKSHKASKPNLVLVHGFGANAMWQYGDLLHHLMPRFNIYVPDLLFFGESWTQRPDRSEAFQAQCLMRLMEAHGVRRLSLVGISYGGFVSYSMAAQFPEAVERVVLCCSGVCLEEKDLKEGFFEVADLDEVASILMPQTPEKLRELIKFAFAKPVKGVPSCFLSDYIDVFCTEFVAQKKELIHALTADRKLSSIPSIEQPTLIIWGEQDKIFPLELGYRL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器