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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001451

染色体: Chr04 坐标: 23853208-23854730 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001451
名称SmilChr04G001451
描述B2 protein-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向23853208 - 23854730 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131023175
GeneID131023175
locus_tag-
NCBI NameLOC131023175
原始查询SmilChr04G001451

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述B2 protein-like
产物B2 protein-like
ArabidopsisAT5G61910 (AT5G61910)
DCD (Development and Cell Death) domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836312]
identity=56.6; qcov=0.623; evalue=2.31e-24; confidence=medium
RiceOs02g0745600
-
identity=61; qcov=0.631; evalue=2.33e-26; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF10539 (Dev_Cell_Death)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131023175

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057808703.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.40000 XP_057808703.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057808703.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057808703.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057808703.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:23853240 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B101,B74,C11,C69

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808703.1
122 aa
N
1
61
122
Dev_Cell_Death
C
PF10539 Dev_Cell_Death 36-116 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057808703.1 Pfam PF10539 Dev_Cell_Death Domain 36 116 8.8e-28 97.3 Development and cell death domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952720.1
GAAGTAGTTTGCTAATGTTGTTTGGTGGCACTCTGGCTTTCTTCATGGTATTAACAGAATATGTTCTTGTGTCTGTAACAAGTGCAGTAACAGTTACAATAGCAGGGGTTGTGAAGGAAGCTGTTACTGAGCTACTTTTGTTTGATTTTAAGTCAAAGCTTCTGTACGGTGTATATGAAGCAACTTCTGATGGAGGTCTTAACTTGGAACCTGCTGCTTTTGGAGGGAAATTCCCTGCTCAGGTAAAATTCAAAATTTTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131023175
ATGTTGTTTGGTGGCACTCTGGCTTTCTTCATGGTATTAACAGAATATGTTCTTGTGTCTGTAACAAGTGCAGTAACAGTTACAATAGCAGGGGTTGTGAAGGAAGCTGTTACTGAGCTACTTTTGTTTGATTTTAAGTCAAAGCTTCTGTACGGTGTATATGAAGCAACTTCTGATGGAGGTCTTAACTTGGAACCTGCTGCTTTTGGAGGGAAATTCCCTGCTCAGGTAAAATTCAAAATTTTCAAGGAATGTCTTCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057808703.1
MLFGGTLAFFMVLTEYVLVSVTSAVTVTIAGVVKEAVTELLLFDFKSKLLYGVYEATSDGGLNLEPAAFGGKFPAQVKFKIFKECLPIPESSLTYVIKENYTGAKFKQELNVKQKKLINGSR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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