当前解析结果
SmilChr04G001451| 统一新 Gene ID | SmilChr04G001451 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G001451 |
| 描述 | B2 protein-like |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 23853208 - 23854730 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131023175 |
|---|---|
| GeneID | 131023175 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131023175 |
| 原始查询 | SmilChr04G001451 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | B2 protein-like |
| 产物 | B2 protein-like |
| Arabidopsis | AT5G61910 (AT5G61910)DCD (Development and Cell Death) domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836312] identity=56.6; qcov=0.623; evalue=2.31e-24; confidence=medium |
| Rice | Os02g0745600- identity=61; qcov=0.631; evalue=2.33e-26; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF10539 (Dev_Cell_Death) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131023175 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 1.00000 | XP_057808703.1 |
| 2 | Endoplasmic reticulum membrane | 内质网膜 | 0.40000 | XP_057808703.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057808703.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057808703.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057808703.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:23853240 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B101,B74,C11,C69 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057808703.1PF10539
Dev_Cell_Death 36-116 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057808703.1 |
Pfam | PF10539 |
Dev_Cell_Death | Domain | 36 | 116 | 8.8e-28 | 97.3 | Development and cell death domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。