当前解析结果
SmilChr04G001452| 统一新 Gene ID | SmilChr04G001452 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G001452 |
| 描述 | 7-deoxyloganetin glucosyltransferase-like |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 23868397 - 23871070 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131019485 |
|---|---|
| GeneID | 131019485 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131019485 |
| 原始查询 | SmilChr04G001452 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | 7-deoxyloganetin glucosyltransferase-like |
| 产物 | 7-deoxyloganetin glucosyltransferase-like |
| Arabidopsis | AT1G22360 (UGT85A2)UDP-glucosyl transferase 85A2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838843] identity=56.6; qcov=0.998; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os02g0755600- identity=56.7; qcov=0.992; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0008194 (UDP-glycosyltransferase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00201 (UDPGT); PF26168 (Glyco_transf_N) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131019485 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057804014.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.40000 | XP_057804014.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057804014.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057804014.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057804014.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:23868611 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B57,C27 |
Chr4:23868775 |
TC |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | D11 |
Chr4:23868775 |
TC |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr4:23868785 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr4:23868982 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B99 |
Chr4:23869069 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B139,C18,C22,C44,D5 |
Chr4:23869162 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B91,C38 |
Chr4:23869244 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B65,B69 |
Chr4:23869328 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A13 |
Chr4:23869402 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C62 |
Chr4:23870545 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B114 |
Chr4:23870705 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B57,B88,C27,C55,D4 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057804014.1PF26168
Glyco_transf_N 6-146 aa
PF00201
UDPGT 287-436 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057804014.1 |
Pfam | PF26168 |
Glyco_transf_N | Domain | 6 | 146 | 5.8e-08 | 33.6 | Glycosyltransferase, N-terminal domain |
XP_057804014.1 |
Pfam | PF00201 |
UDPGT | Family | 287 | 436 | 8.5e-24 | 84.9 | UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。