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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001452

染色体: Chr04 坐标: 23868397-23871070 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001452
名称SmilChr04G001452
描述7-deoxyloganetin glucosyltransferase-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向23868397 - 23871070 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131019485
GeneID131019485
locus_tag-
NCBI NameLOC131019485
原始查询SmilChr04G001452

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述7-deoxyloganetin glucosyltransferase-like
产物7-deoxyloganetin glucosyltransferase-like
ArabidopsisAT1G22360 (UGT85A2)
UDP-glucosyl transferase 85A2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838843]
identity=56.6; qcov=0.998; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0755600
-
identity=56.7; qcov=0.992; evalue=0; confidence=high
GOGO:0008194 (UDP-glycosyltransferase activity)
KEGG-
PfamPF00201 (UDPGT); PF26168 (Glyco_transf_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131019485

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057804014.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057804014.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057804014.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057804014.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057804014.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:23868611 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B57,C27
Chr4:23868775 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 D11
Chr4:23868775 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 D11
Chr4:23868785 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr4:23868982 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B99
Chr4:23869069 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B139,C18,C22,C44,D5
Chr4:23869162 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B91,C38
Chr4:23869244 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B65,B69
Chr4:23869328 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A13
Chr4:23869402 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C62
Chr4:23870545 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B114
Chr4:23870705 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B57,B88,C27,C55,D4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057804014.1
473 aa
N
1
236
473
Glyco_transf_N
UDPGT
C
PF26168 Glyco_transf_N 6-146 aa PF00201 UDPGT 287-436 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057804014.1 Pfam PF26168 Glyco_transf_N Domain 6 146 5.8e-08 33.6 Glycosyltransferase, N-terminal domain
XP_057804014.1 Pfam PF00201 UDPGT Family 287 436 8.5e-24 84.9 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057948031.1
CATCTAAAGTGTGAGCGAGTCACTCATCACCCAAAAATCAAGAAATAAAAATAAAAATGAAGCCTCATGCTGTGTGCATTCCATATCCAGCACAGGGCCACATCGCCCCCATGCTGAGATTGGCCAAACTGCTGCACTCGAGGGGCTTCTTCGTCACCTTCGTCAACACCGAGTTCAACCACAGCCGGCTGGTTCGGGCCCGAGGGCCCGAATCCGTGGCGGGCCTCGAGGGGTTCGAGTTCCGGACCATCCCCGACGGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131019485
ATGAAGCCTCATGCTGTGTGCATTCCATATCCAGCACAGGGCCACATCGCCCCCATGCTGAGATTGGCCAAACTGCTGCACTCGAGGGGCTTCTTCGTCACCTTCGTCAACACCGAGTTCAACCACAGCCGGCTGGTTCGGGCCCGAGGGCCCGAATCCGTGGCGGGCCTCGAGGGGTTCGAGTTCCGGACCATCCCCGACGGCCTGCCGCCCTCCGACAAGGACGCCACGCAGGACATCCCGCAGCTCTGCGACTCCCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057804014.1
MKPHAVCIPYPAQGHIAPMLRLAKLLHSRGFFVTFVNTEFNHSRLVRARGPESVAGLEGFEFRTIPDGLPPSDKDATQDIPQLCDSLTKNGLPPFLDLINDLNDSPDCPDVSCIVSDGAMSFTLDAADRLGIPEAVFFTTSACGFMAYCNYAQLVARGLFPLTDEKQLSNGFLEEELEWVPGMKHIRLRDFPSFVRTTDPDDIMVNYNILQTKNASRARAVILNTYDDLETQVLHAIRERFQHVATVGPLQLLEQREANS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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