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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G001457`

染色体: Chr04 坐标: 23974953-23979054 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G001457`
名称	SmilChr04G001457
描述	uncharacterized SmilChr04G001457
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	23974953 - 23979054 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131023176`
GeneID	`131023176`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131023176`
原始查询	`SmilChr04G001457`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os04g0191000; species=rice; confidence=weak
产物	hit=Os04g0191000; species=rice; confidence=weak
Arabidopsis	`ATMG00750` - identity=36.2; qcov=0.099; evalue=1.24e-06; confidence=weak
Rice	`Os04g0191000` - identity=23.5; qcov=0.785; evalue=1.89e-17; confidence=weak
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004523 (RNA-DNA hybrid ribonuclease activity); GO:0015074 (DNA integration)
KEGG	-
Pfam	PF00665 (rve); PF13456 (RVT_3); PF17917 (RT_RNaseH); PF17919 (RT_RNaseH_2); PF17921 (Integrase_H2C2); PF31073 (DUF8803)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131023176

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057808704.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057808704.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057808704.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057808704.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057808704.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:23974964`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B128,B25,B29
`Chr4:23974979`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	59	A11,A13,A19,A20,A8,B101,B105,B106,B11,B114,B118,B12,B120,B122,B125,B133,B134,B137,B14,B16,B17,B29,B31,B39,B55,B56,B61,B66,B67,B7,B75,B8,B81,B82,B88,B89,B91,B95,B97,C10,C15,C27,C30,C33,C38,C42,C43,C44,C46,C49,C5,C64,C70,C73,C77,C85,D1,D5,D9
`Chr4:23974987`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	46	A23,B100,B115,B125,B128,B134,B18,B22,B25,B26,B29,B3,B33,B44,B50,B53,B61,B65,B66,B69,B72,B74,B75,B77,B89,B9,B90,B92,B99,C14,C15,C21,C3,C34,C39,C44,C5,C52,C57,C58,C6,C64,C66,C73,C9,D6
`Chr4:23976963`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B140
`Chr4:23976969`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B140
`Chr4:23976996`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B52,C17,C46
`Chr4:23977004`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B140,B19,B96,C46
`Chr4:23977014`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	87	A13,A16,A18,A2,A6,A8,A9,B105,B109,B111,B117,B119,B121,B122,B127,B128,B129,B131,B133,B136,B137,B18,B21,B23,B3,B31,B35,B36,B37,B4,B49,B54,B56,B58,B59,B6,B62,B68,B70,B73,B74,B76,B77,B79,B81,B85,B88,B9,B90,B92,B96,B99,C1,C13,C18,C22,C26,C28,C30,C33,C37,C40,C47,C5,C50,C51,C54,C60,C61,C62,C65,C67,C69,C7,C74,C75,C76,C78,C80,C82,C83,C84,C85,C9,D11,D5,D8
`Chr4:23977021`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B52,B54,C11
`Chr4:23977023`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr4:23977037`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	9	B10,B110,B113,B60,B80,B92,C51,C56,C83
`Chr4:23977049`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B100,B126

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808704.1

698 aa

349

698

RT_RNaseH_2

RT_RNaseH

RVT_3

Integrase_H2C2

rve

DUF8803

PF17919 RT_RNaseH_2 15-113 aa PF17917 RT_RNaseH 43-142 aa PF13456 RVT_3 183-296 aa PF17921 Integrase_H2C2 387-415 aa PF00665 rve 433-530 aa PF31073 DUF8803 654-688 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057808704.1`	Pfam	`PF17919`	RT_RNaseH_2	Domain	15	113	2.2e-16	60.5	RNase H-like domain found in reverse transcriptase
`XP_057808704.1`	Pfam	`PF17917`	RT_RNaseH	Domain	43	142	1.4e-12	48.4	RNase H-like domain found in reverse transcriptase
`XP_057808704.1`	Pfam	`PF13456`	RVT_3	Domain	183	296	4.6e-14	53.1	Reverse transcriptase-like
`XP_057808704.1`	Pfam	`PF17921`	Integrase_H2C2	Domain	387	415	2.7e-07	31.3	Integrase zinc binding domain
`XP_057808704.1`	Pfam	`PF00665`	rve	Domain	433	530	2.1e-16	60.8	Integrase core domain
`XP_057808704.1`	Pfam	`PF31073`	DUF8803	Domain	654	688	1.9e-08	34.8	Domain of unknown function (DUF8803)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057952721.1
ATGCCGTTTTTCAAAATCCTAAGGAAGGGAACTAAATTCTTGTGGACAGCGGAATGCCGAGCGACATTTGAGGATCTCAAAGTGTATCTAGCGAAGCTCCCGACTCTGACCAAGCCGGTCCCGGGAGAAACATTGTATCTGTACATAGCAGTGGGGGAAGATGCAATCAGCTCTGTGCTTATCAGAGAGGAAGGAAGTCACCAGAAACAAATCTACTTCGTCAGTCGAATCATCCAGGGTCCTGAATTAAACTGCACAGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131023176
ATGCCGTTTTTCAAAATCCTAAGGAAGGGAACTAAATTCTTGTGGACAGCGGAATGCCGAGCGACATTTGAGGATCTCAAAGTGTATCTAGCGAAGCTCCCGACTCTGACCAAGCCGGTCCCGGGAGAAACATTGTATCTGTACATAGCAGTGGGGGAAGATGCAATCAGCTCTGTGCTTATCAGAGAGGAAGGAAGTCACCAGAAACAAATCTACTTCGTCAGTCGAATCATCCAGGGTCCTGAATTAAACTGCACAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057808704.1
MPFFKILRKGTKFLWTAECRATFEDLKVYLAKLPTLTKPVPGETLYLYIAVGEDAISSVLIREEGSHQKQIYFVSRIIQGPELNCTEIEKAALAVMVTARKLRPYFLSHRVVVRTALPFRQVLGRPDLSGRMVKWAVELGEYDVEYEPRMAIKAQALADFIQETTRRPLPEFWVAFVDGSVTNEGCGIGVYITSPGYGTYQFAIKFTCRLSNNEAEYEAVVRGGHILSELKAECVIIKTDSQLVAQQLSGAYNVKDQRMK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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