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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001470

染色体: Chr04 坐标: 24140314-24145373 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001470
名称SmilChr04G001470
描述long chain base biosynthesis protein 1
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向24140314 - 24145373 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131019501
GeneID131019501
locus_tag-
NCBI NameLOC131019501
原始查询SmilChr04G001470

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述long chain base biosynthesis protein 1
产物long chain base biosynthesis protein 1
ArabidopsisAT4G36480 (LCB1)
long-chain base1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829800]
identity=72.2; qcov=0.956; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0806900
-
identity=69.3; qcov=0.963; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004758 (serine C-palmitoyltransferase activity); GO:0005783 (endoplasmic reticulum); GO:0030170 (pyridoxal phosphate binding); GO:0046512 (sphingosine biosynthetic process); GO:0046513 (ceramide biosynthetic process)
KEGGsmil00600 (Sphingolipid metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04382 (Cornified envelope formation - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00155 (Aminotran_1_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131019501

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057804026.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.80000 XP_057804026.1
3 Peroxisome 过氧化物酶体 0.20000 XP_057804026.1
4 Peroxisome membrane 过氧化物酶体膜 0.20000 XP_057804026.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057804026.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:24141767 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B125,B90,B92,C87
Chr4:24143620 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B125,B90,B92,C87
Chr4:24144891 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B119
Chr4:24144900 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C10
Chr4:24144954 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B41
Chr4:24144954 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 B41

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057804026.1
481 aa
N
1
240
481
Aminotran_1_2
C
PF00155 Aminotran_1_2 113-474 aa
XP_057804027.1
481 aa
N
1
240
481
Aminotran_1_2
C
PF00155 Aminotran_1_2 113-474 aa
XP_057804028.1
481 aa
N
1
240
481
Aminotran_1_2
C
PF00155 Aminotran_1_2 113-474 aa
XP_057804029.1
481 aa
N
1
240
481
Aminotran_1_2
C
PF00155 Aminotran_1_2 113-474 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057804026.1 Pfam PF00155 Aminotran_1_2 Domain 113 474 3e-39 135.9 Aminotransferase class I and II
XP_057804027.1 Pfam PF00155 Aminotran_1_2 Domain 113 474 3e-39 135.9 Aminotransferase class I and II
XP_057804028.1 Pfam PF00155 Aminotran_1_2 Domain 113 474 3e-39 135.9 Aminotransferase class I and II
XP_057804029.1 Pfam PF00155 Aminotran_1_2 Domain 113 474 3e-39 135.9 Aminotransferase class I and II

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057948043.1
AAAATCAATATCCCTAAACTTAAATACGAAGTCGATAAAAACATCAAGAAAACTAAAATCCAACAATTAATTCCAAGCCACAAAATCAATACAACAATAAAATTAAAGAATCCCTTCTCCCCAAAAAAATAAAAATAAAGAATCCCTAATTAAGTCAAAACGCAGCGTCGCTCGTCTTCACGCTCAATTCTCAGAACATCTGCGCCAAGCTTCTTCTTCACAGATTTCTCCTCCAAGGCTTCTTCTTCTTCTTCATTACG...
XM_057948044.1
TCAATACAACAATAAAATTAAAGAATCCCTTCTCCCCAAAAAAATAAAAATAAAGAATCCCTAATTAAGTCAAAACGCAGCGTCGCTCGTCTTCACGCTCAATTCTCAGAACATCTGCGCCAAGCTTCTTCTTCACAGATTTCTCCTCCAAGGCTTCTTCTTCTTCTTCATTACGGTAAATGAATATTTCTTGTTGTTGTTTTCAGCTCATGAGCAAGTGTTTGTGTATTTCCAAGTTGACTTGATGGATACAGTATTGT...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131019501
ATGGATACAGTATTGTCCACTTTCGAAACTGCTGTTAAGTCCATCACAGATTGGGTTGCTTTAGCTTTTGATACCCCGTATGCTCGAGCTGTTGTCTTTGGAGTACCAATTAAAGGACATCTTCTTGTGGAGGGCCTTCTCTTAGTTGTAATTCTTTTTCTTCTGTCCCAAAAAAGTTACAAGCCTCCAAAAAGACCACTGACAAAGAAGGAAGTAGATGAGTTATGTGATGAATGGGTCCCAGAACCCTTAATTCCCTC...
LOC131019501
ATGGATACAGTATTGTCCACTTTCGAAACTGCTGTTAAGTCCATCACAGATTGGGTTGCTTTAGCTTTTGATACCCCGTATGCTCGAGCTGTTGTCTTTGGAGTACCAATTAAAGGACATCTTCTTGTGGAGGGCCTTCTCTTAGTTGTAATTCTTTTTCTTCTGTCCCAAAAAAGTTACAAGCCTCCAAAAAGACCACTGACAAAGAAGGAAGTAGATGAGTTATGTGATGAATGGGTCCCAGAACCCTTAATTCCCTC...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057804026.1
MDTVLSTFETAVKSITDWVALAFDTPYARAVVFGVPIKGHLLVEGLLLVVILFLLSQKSYKPPKRPLTKKEVDELCDEWVPEPLIPSITEELKYEPPVLESAAGPHAVINGIEVVNFTSANYLGLLGHDKLQESCTKALEKYGVGSCGPRGFYGTIDVHLDCEARIAKFLGTSDSILYSYGLSTMFSIIPAFCKKGDVVVVDEGVHWGIQNGLHLSRSTIIYFKHNDIKSLESILESVTHENKRAKKVRRYIIVEAVYQN...
XP_057804027.1
MDTVLSTFETAVKSITDWVALAFDTPYARAVVFGVPIKGHLLVEGLLLVVILFLLSQKSYKPPKRPLTKKEVDELCDEWVPEPLIPSITEELKYEPPVLESAAGPHAVINGIEVVNFTSANYLGLLGHDKLQESCTKALEKYGVGSCGPRGFYGTIDVHLDCEARIAKFLGTSDSILYSYGLSTMFSIIPAFCKKGDVVVVDEGVHWGIQNGLHLSRSTIIYFKHNDIKSLESILESVTHENKRAKKVRRYIIVEAVYQN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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