Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G001486`

染色体: Chr04 坐标: 24290912-24292011 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G001486`
名称	SmilChr04G001486
描述	uncharacterized SmilChr04G001486
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	24290912 - 24292011 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131023187`
GeneID	`131023187`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131023187`
原始查询	`SmilChr04G001486`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	armadillo repeat only 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829646]; symbol=ARO1; hit=AT4G34940; species=arabidopsis; confidence=high
产物	armadillo repeat only 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829646]; symbol=ARO1; hit=AT4G34940; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT4G34940` (ARO1) armadillo repeat only 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829646] identity=46.2; qcov=1.05; evalue=4.58e-88; confidence=high
Rice	`Os09g0536200` - identity=52.8; qcov=0.481; evalue=1.78e-37; confidence=medium
GO	GO:0005515 (protein binding)
KEGG	-
Pfam	PF00514 (Arm); PF25055 (DUF7792)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131023187

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057808716.1`
2	Nucleus	细胞核	0.40000	`XP_057808716.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057808716.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057808716.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057808716.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:24290930`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	9	A4,B21,B44,B69,B83,B87,C30,C38,D9
`Chr4:24290979`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B125
`Chr4:24290984`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	B129
`Chr4:24290984`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B129
`Chr4:24291003`	`CG`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B125
`Chr4:24291003`	`CG`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B125
`Chr4:24291030`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C19,C79
`Chr4:24291042`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B129
`Chr4:24291044`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr4:24291045`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C58,C79
`Chr4:24291063`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A22,B47,B63,D9
`Chr4:24291065`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	4	A2,A8,B8,C83

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808716.1

335 aa

168

335

DUF7792

Arm

PF25055 DUF7792 6-72 aa PF00514 Arm 113-153 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057808716.1`	Pfam	`PF25055`	DUF7792	Domain	6	72	2.4e-27	96.1	Domain of unknown function (DUF7792)
`XP_057808716.1`	Pfam	`PF00514`	Arm	Repeat	113	153	5.7e-06	26.9	Armadillo/beta-catenin-like repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057952733.1
ATGGCGGACATAGTGAAGCAGATCCTCGCGAAGCCGATCCAATATGCGGACGAGGTGATCAAGCTTGCGGATCAGGCGAGTTTCATGAAGGCGGAATGCGGGGAGATCAAGGTCAGGACCGAGAAGCTCGCCGGCCTCCTCCGCCAGGCCGCGCGAGCCAGCGGCGACCTCTACGAGCGCCCCACGCGCCGGATCATCGACGACACCGAGCAGGTCCAGCAGCAGCTCGACAACTCCATCGGAGATGTCTCCTGGCTCCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131023187
ATGGCGGACATAGTGAAGCAGATCCTCGCGAAGCCGATCCAATATGCGGACGAGGTGATCAAGCTTGCGGATCAGGCGAGTTTCATGAAGGCGGAATGCGGGGAGATCAAGGTCAGGACCGAGAAGCTCGCCGGCCTCCTCCGCCAGGCCGCGCGAGCCAGCGGCGACCTCTACGAGCGCCCCACGCGCCGGATCATCGACGACACCGAGCAGGTCCAGCAGCAGCTCGACAACTCCATCGGAGATGTCTCCTGGCTCCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057808716.1
MADIVKQILAKPIQYADEVIKLADQASFMKAECGEIKVRTEKLAGLLRQAARASGDLYERPTRRIIDDTEQVQQQLDNSIGDVSWLLRVSAPADDRDDEYLGLPPIAANDRDDPESVEHIVNAGVCQVVAKILKEGHMKVQIVVAWALSELAANHRKCQDPFAQHNVIRLLVSHLAFETIPEHSKYAIASKHSMSSIHSIVMANSTPKSSDEGEEKHTSVTNHPMDNQMPSQMHNIVTNTLAMKSTMLPNKGAAGSPSHS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器