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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001492

染色体: Chr04 坐标: 24375866-24376255 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001492
名称SmilChr04G001492
描述uncharacterized SmilChr04G001492
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向24375866 - 24376255 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131023188
GeneID131023188
locus_tag-
NCBI NameLOC131023188
原始查询SmilChr04G001492

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131023188

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057808717.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057808717.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057808717.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057808717.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057808717.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:24375877 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 6 B122,B124,B15,B34,B73,C57
Chr4:24375904 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 35 A18,A23,A25,A9,B119,B121,B2,B29,B40,B43,B46,B47,B72,B75,B77,B83,B87,B9,B95,B98,B99,C21,C28,C29,C46,C47,C5,C53,C56,C59,C80,C82,D2,D6,D7
Chr4:24375913 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B131,C25
Chr4:24375928 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 28 A18,A23,A25,A9,B119,B121,B15,B2,B29,B46,B47,B72,B75,B83,B9,B95,B99,C18,C21,C46,C47,C5,C53,C59,C69,C82,D6,D7
Chr4:24375953 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B68
Chr4:24375964 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B56,B67
Chr4:24375994 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 11 A14,B121,B127,B137,B47,C1,C15,C34,C60,C64,C69
Chr4:24376000 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 18 A10,B105,B117,B125,B127,B18,B4,B42,B43,B56,C11,C16,C23,C41,C43,C49,C69,D3
Chr4:24376007 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B122,B40,B73,C11,D9
Chr4:24376074 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C11
Chr4:24376085 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B115,B53,C42
Chr4:24376106 CTT C 2bp_deletion frameshift_variant 1 C31

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952734.1
ATGTCGAATTTGTCACTAAAGTGTTTGATGGAAACAAACAAGTTGACTGGGTCAAACTTCACGGATTGGCTCTGTTGCTTGCAACTGGTCTTAAGGCTAGAAAAGATTGAGTACGTCTTGGACGTTTCAATCTCTGTGATTCCTGACAAGAATTCTGCAGAGTATGCTTCGTTTGACGGAGCTTCTCACAAGAAGCATGTTGAGGATGCAACTACGGCTCAGTGTGTAATGTTGACTTTAATGAATGCGGAGTTACAGAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131023188
ATGTCGAATTTGTCACTAAAGTGTTTGATGGAAACAAACAAGTTGACTGGGTCAAACTTCACGGATTGGCTCTGTTGCTTGCAACTGGTCTTAAGGCTAGAAAAGATTGAGTACGTCTTGGACGTTTCAATCTCTGTGATTCCTGACAAGAATTCTGCAGAGTATGCTTCGTTTGACGGAGCTTCTCACAAGAAGCATGTTGAGGATGCAACTACGGCTCAGTGTGTAATGTTGACTTTAATGAATGCGGAGTTACAGAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057808717.1
MSNLSLKCLMETNKLTGSNFTDWLCCLQLVLRLEKIEYVLDVSISVIPDKNSAEYASFDGASHKKHVEDATTAQCVMLTLMNAELQRQHEHMFSREMLKHLKSLYASEAQTMEYEILRDLFRCKLHDGG

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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