当前解析结果
SmilChr04G001497| 统一新 Gene ID | SmilChr04G001497 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G001497 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr04G001497 |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 24517348 - 24519049 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131019521 |
|---|---|
| GeneID | 131019521 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131019521 |
| 原始查询 | SmilChr04G001497 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os06g0597250; species=rice; confidence=high |
| 产物 | hit=Os06g0597250; species=rice; confidence=high |
| Arabidopsis | AT2G13770 (AT2G13770)nuclease [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815861] identity=56.7; qcov=0.231; evalue=5.7e-37; confidence=weak |
| Rice | Os06g0597250- identity=48.5; qcov=0.965; evalue=6.71e-143; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF04827 (Plant_tran); PF13359 (DDE_Tnp_4); PF28509 (DUF8418) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131019521 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057804051.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.40000 | XP_057804051.1 |
| 3 | Telomere | 端粒 | 0.20000 | XP_057804051.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057804051.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057804051.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:24517628 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B125,C30,D6 |
Chr4:24517634 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 16 | A9,B101,B122,B123,B131,B14,B53,B59,B77,B98,C15,C27,C47,C56,C7,D10 |
Chr4:24517654 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A1,A3,B6,C41,C77 |
Chr4:24517678 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B135,C13 |
Chr4:24517685 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B103,B99,C23,C47,C81 |
Chr4:24517697 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B66,B99 |
Chr4:24517716 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A1,A15,B105,C37 |
Chr4:24517757 |
A |
AT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 57 | A10,A13,A18,A25,A5,A8,B1,B112,B114,B115,B133,B134,B135,B14,B16,B18,B22,B28,B33,B37,B53,B55,B7,B75,B78,B79,B82,B88,B89,B94,B97,B98,C10,C11,C19,C23,C25,C3,C31,C32,C36,C43,C44,C46,C48,C49,C51,C58,C6,C68,C69,C77,C78,C83,C86,D1,D7 |
Chr4:24517780 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 54 | A10,A11,A14,A2,A23,A8,B108,B11,B110,B125,B13,B136,B139,B140,B21,B25,B30,B36,B37,B4,B40,B42,B43,B53,B58,B62,B63,B65,B66,B68,B8,B83,B87,B90,B94,B96,C11,C15,C2,C26,C31,C39,C4,C56,C59,C60,C74,C79,C80,D11,D2,D3,D5,D7 |
Chr4:24517801 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 25 | A14,A9,B10,B122,B137,B16,B18,B29,B32,B36,B43,B59,B6,B72,C19,C22,C26,C30,C5,C50,C67,C73,C76,C81,D6 |
Chr4:24517807 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B101,B53,C39 |
Chr4:24517832 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A7,B130,B58 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057804051.1PF28509
DUF8418 66-104 aa
PF04827
Plant_tran 174-375 aa
PF13359
DDE_Tnp_4 203-366 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057804051.1 |
Pfam | PF28509 |
DUF8418 | Domain | 66 | 104 | 1.8e-16 | 60.3 | Domain of unknown function (DUF8418) |
XP_057804051.1 |
Pfam | PF04827 |
Plant_tran | Family | 174 | 375 | 2.1e-107 | 358.0 | Plant transposon protein |
XP_057804051.1 |
Pfam | PF13359 |
DDE_Tnp_4 | Domain | 203 | 366 | 1.2e-09 | 38.7 | DDE superfamily endonuclease |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。