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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001501

染色体: Chr04 坐标: 24614643-24615796 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001501
名称SmilChr04G001501
描述uncharacterized SmilChr04G001501
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向24614643 - 24615796 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131023192
GeneID131023192
locus_tag-
NCBI NameLOC131023192
原始查询SmilChr04G001501

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os12g0292200; species=rice; confidence=weak
产物hit=Os12g0292200; species=rice; confidence=weak
ArabidopsisAT2G06105 (AT2G06105)
aspartyl protease gag-polyprotein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:28717693]
identity=34.7; qcov=0.209; evalue=9.15e-06; confidence=weak
RiceOs12g0292200
-
identity=31.2; qcov=0.27; evalue=1.02e-08; confidence=weak
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131023192

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057808720.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057808720.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057808720.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057808720.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057808720.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:24614658 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 47 A13,A15,A21,A6,A7,B112,B113,B119,B12,B120,B122,B133,B137,B15,B16,B24,B32,B33,B34,B38,B39,B47,B50,B57,B6,B62,B86,B88,B95,C13,C18,C22,C25,C27,C34,C35,C38,C46,C55,C63,C64,C66,C7,C70,C73,C76,D5
Chr4:24614662 GT G 1bp_deletion frameshift_variant 40 A14,A19,A2,A6,A8,B10,B104,B115,B130,B132,B136,B19,B36,B37,B45,B53,B61,B7,B72,B73,B8,B80,B83,B87,B88,B97,C20,C28,C3,C30,C38,C40,C42,C50,C71,C78,C81,C83,C84,D9
Chr4:24614667 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 14 A1,A16,B100,B103,B78,B95,C19,C2,C27,C28,C42,C59,C70,D7
Chr4:24614682 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 6 B18,B94,C11,C59,C69,C83
Chr4:24614699 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B106,B98,C61,D7
Chr4:24614700 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 16 A1,A19,B105,B2,B25,B27,B32,B37,B44,B51,B57,C3,C31,C73,C8,D2
Chr4:24614723 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A21,A8,B18,B52,B94
Chr4:24614733 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 3 C18,C22,C44
Chr4:24614733 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C18,C22,C44
Chr4:24614739 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 27 A10,A20,B114,B120,B127,B27,B30,B45,B48,B54,B56,B60,B62,B64,B68,B75,B81,B85,B96,C19,C35,C43,C54,C6,C75,D6,D8
Chr4:24614741 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 35 A11,A15,A19,A20,A22,A4,B1,B108,B120,B138,B19,B44,B53,B58,B74,B78,B9,B95,B97,C17,C19,C28,C30,C31,C35,C36,C37,C45,C46,C50,C53,C72,C74,D10,D5
Chr4:24614777 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 22 A8,A9,B102,B110,B111,B113,B12,B2,B20,B4,B49,B55,B79,B89,B98,C15,C20,C5,C60,C76,C8,C80

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952737.1
ATGGGAGTACCGATGCAACGTCCCCAGTATAATCAGAACCAACATCAACAACAGTACCAGCTAGGACCACCACAACACCACAATCAGAATCAACAACAACCTCATTACCAACCACCACACAGGAGGGCACCATGGGAAGAAGCCATCAAAAACATGGTTAAAGAAAGCGAGAAATTTCGCAATGAAATTCACGCCGGTATGAACCAAACCAACCAACAGATTAGTCATTTGACTAAAGCGGTGGCCAAACTGGAAGGAGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131023192
ATGGGAGTACCGATGCAACGTCCCCAGTATAATCAGAACCAACATCAACAACAGTACCAGCTAGGACCACCACAACACCACAATCAGAATCAACAACAACCTCATTACCAACCACCACACAGGAGGGCACCATGGGAAGAAGCCATCAAAAACATGGTTAAAGAAAGCGAGAAATTTCGCAATGAAATTCACGCCGGTATGAACCAAACCAACCAACAGATTAGTCATTTGACTAAAGCGGTGGCCAAACTGGAAGGAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057808720.1
MGVPMQRPQYNQNQHQQQYQLGPPQHHNQNQQQPHYQPPHRRAPWEEAIKNMVKESEKFRNEIHAGMNQTNQQISHLTKAVAKLEGECRNLSKSGEGLTAEQAGGSNLTDAPYPGRLRQKAKEKEASEMMKIFQKVELSIPLLDAIRQILKYAKFLKDLCSRKVKMEEEVRYVMGESISAVIQQKLPTKRKDPGMFTIPCNIGGTNMDKTMMDLGASINVMPLAVYKRLNIGEMRNTRVVIQLADRSNAYPERVVEDVLI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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