当前解析结果
SmilChr04G001506| 统一新 Gene ID | SmilChr04G001506 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G001506 |
| 描述 | protein phosphatase 2C 37-like |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 24809077 - 24810843 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131019529 |
|---|---|
| GeneID | 131019529 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131019529 |
| 原始查询 | SmilChr04G001506 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein phosphatase 2C 37-like |
| 产物 | protein phosphatase 2C 37-like |
| Arabidopsis | AT1G07430 (HAI2)highly ABA-induced PP2C protein 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837255] identity=59.8; qcov=0.873; evalue=2.52e-134; confidence=high |
| Rice | Os01g0846300 (OsPP15)- identity=59.8; qcov=0.881; evalue=1.11e-125; confidence=high |
| GO | GO:0004722 (protein serine/threonine phosphatase activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0005829 (cytosol); GO:0006470 (protein dephosphorylation); GO:0043169 (cation binding) |
| KEGG | smil04016 (MAPK signaling pathway - plant - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04075 (Plant hormone signal transduction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF00481 (PP2C) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131019529 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057804058.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.60000 | XP_057804058.1 |
| 3 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.20000 | XP_057804058.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057804058.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057804058.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:24809476 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B130,B50,C52,D11 |
Chr4:24809632 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B100 |
Chr4:24809680 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B100,D11 |
Chr4:24809696 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B114,B60,C35 |
Chr4:24809750 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B85 |
Chr4:24809839 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B75 |
Chr4:24809868 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B75 |
Chr4:24809961 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B73 |
Chr4:24810464 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B130,C52 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057804058.1PF00481
PP2C 76-359 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057804058.1 |
Pfam | PF00481 |
PP2C | Family | 76 | 359 | 2.2e-66 | 224.8 | Protein phosphatase 2C |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。