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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001511

染色体: Chr04 坐标: 24891208-24892246 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001511
名称SmilChr04G001511
描述uncharacterized SmilChr04G001511
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向24891208 - 24892246 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131023197
GeneID131023197
locus_tag-
NCBI NameLOC131023197
原始查询SmilChr04G001511

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839262]; symbol=SR34; hit=AT1G02840; species=arabidopsis; confidence=weak
产物RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839262]; symbol=SR34; hit=AT1G02840; species=arabidopsis; confidence=weak
ArabidopsisAT1G02840 (SR34)
RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839262]
identity=82.9; qcov=0.297; evalue=1.19e-12; confidence=weak
RiceOs05g0364600
-
identity=80; qcov=0.297; evalue=2.95e-12; confidence=weak
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131023197

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 0.60000 XP_057808723.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057808723.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057808723.1
4 Mitochondrion membrane 线粒体膜 0.20000 XP_057808723.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057808723.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:24891294 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B105,B117,B18,B31,C49
Chr4:24891333 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B22,B33
Chr4:24891335 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C21
Chr4:24891350 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B22,B33
Chr4:24891363 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B22,B33
Chr4:24891509 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 5 B105,B117,B18,B31,C49
Chr4:24891509 CT C 1bp_deletion CDS_variant 5 B105,B117,B18,B31,C49
Chr4:24891555 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B54
Chr4:24891560 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B122,B2,C11,C69,D7
Chr4:24891567 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B130,B22,B33,C52
Chr4:24891568 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B22,B33
Chr4:24891624 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 D10,D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952740.1
ATGGCTCTCCCGACCGGTCAGCACGAGCGGTCGGCGGAGAAGCTCGATCGGAGCAAGGGATTCAGATCCTACGTTGCTGCTTCTAAAGCTCTAGTGGGAATTTATCTAGAAATATATCGAGATGCTGCATTAGCTGTTGCAGATTTGGCATTGCAAATCCTAGGATCAATTCGACATGAACTAGGTGGTGGGGCCGGCTTCCTGGTTACTGGACTTCTTTCTTCTGCTTCTTCTACTTCTTGGCAAGACTTGAAGGATCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131023197
ATGGCTCTCCCGACCGGTCAGCACGAGCGGTCGGCGGAGAAGCTCGATCGGAGCAAGGGATTCAGATCCTACGTTGCTGCTTCTAAAGCTCTAGTGGGAATTTATCTAGAAATATATCGAGATGCTGCATTAGCTGTTGCAGATTTGGCATTGCAAATCCTAGGATCAATTCGACATGAACTAGGTGGTGGGGCCGGCTTCCTGGTTACTGGACTTCTTTCTTCTGCTTCTTCTACTTCTTGGCAAGACTTGAAGGATCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057808723.1
MALPTGQHERSAEKLDRSKGFRSYVAASKALVGIYLEIYRDAALAVADLALQILGSIRHELGGGAGFLVTGLLSSASSTSWQDLKDHMRRAGDVCFSQVYRDRDGEKLSLLKLLALQT

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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