当前解析结果
SmilChr04G001515| 统一新 Gene ID | SmilChr04G001515 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G001515 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr04G001515 |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 24957314 - 24961441 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131023198 |
|---|---|
| GeneID | 131023198 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131023198 |
| 原始查询 | SmilChr04G001515 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os06g0484800; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os06g0484800; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | AT1G43760 (AT1G43760)DNAse I-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840968] identity=28.9; qcov=0.319; evalue=6.72e-48; confidence=low |
| Rice | Os06g0484800- identity=30.2; qcov=0.607; evalue=1.39e-106; confidence=low |
| GO | GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004523 (RNA-DNA hybrid ribonuclease activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00078 (RVT_1); PF13456 (RVT_3); PF13966 (zf-RVT) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131023198 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057808724.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.60000 | XP_057808724.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.40000 | XP_057808724.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057808724.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057808724.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:24957316 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B48,B89,B94 |
Chr4:24957332 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A10,B65,B85,C25,C75 |
Chr4:24957359 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B137,C19 |
Chr4:24957387 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C42,C60 |
Chr4:24957419 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A14 |
Chr4:24957468 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A4,B75,C54,C65 |
Chr4:24957502 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D4 |
Chr4:24957518 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C39,D7 |
Chr4:24957525 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B45,B56,B96,C6,C84 |
Chr4:24957568 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B73 |
Chr4:24957589 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A4,B105,C54 |
Chr4:24957654 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 2 | B14,C77 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057808724.1PF00078
RVT_1 496-756 aa
PF13966
zf-RVT 1014-1093 aa
PF13456
RVT_3 1223-1342 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057808724.1 |
Pfam | PF00078 |
RVT_1 | Domain | 496 | 756 | 1.9e-30 | 107.0 | Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) |
XP_057808724.1 |
Pfam | PF13966 |
zf-RVT | Domain | 1014 | 1093 | 5e-17 | 63.1 | zinc-binding in reverse transcriptase |
XP_057808724.1 |
Pfam | PF13456 |
RVT_3 | Domain | 1223 | 1342 | 2.1e-14 | 54.2 | Reverse transcriptase-like |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。