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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001536

染色体: Chr04 坐标: 25283582-25284914 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001536
名称SmilChr04G001536
描述7-deoxyloganetic acid glucosyltransferase-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向25283582 - 25284914 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131019975
GeneID131019975
locus_tag-
NCBI NameLOC131019975
原始查询SmilChr04G001536

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述7-deoxyloganetic acid glucosyltransferase-like
产物7-deoxyloganetic acid glucosyltransferase-like
ArabidopsisAT1G22400 (UGT85A1)
UDP-Glycosyltransferase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838846]
identity=38.9; qcov=0.976; evalue=1.94e-66; confidence=medium
RiceOs07g0489950
-
identity=46.2; qcov=1.04; evalue=3e-81; confidence=high
GOGO:0008194 (UDP-glycosyltransferase activity)
KEGG-
PfamPF00201 (UDPGT)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131019975

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057804597.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057804597.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057804597.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057804597.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057804597.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:25283795 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B46,B55,C23
Chr4:25284114 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A21
Chr4:25284128 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C30
Chr4:25284165 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057804597.1
290 aa
N
1
145
290
UDPGT
C
PF00201 UDPGT 95-243 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057804597.1 Pfam PF00201 UDPGT Family 95 243 1.5e-26 94.0 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057948614.1
GTTGGCCATGGTTAACCTAAGAGGAATGGAGGGCGTTCTCCGACGCCGCGATCTCCCCAGCTGCTGCCGCTCTGGATTGAGCTCCAGAACTATGCAAGCTATCATGCACGAGACTCTGCAAACTCCGCGAGCAAAAGGGCTCATACTCAACACATTCGATCACCTCGAAGCATCCACGCTCCACCAAATCCGAACCCGAATTCCGAATCTCTACGCCGTCGGGCCGCTGCACGCCCACCTGCGAAGCAGACTAAACAGTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131019975
ATGGTTAACCTAAGAGGAATGGAGGGCGTTCTCCGACGCCGCGATCTCCCCAGCTGCTGCCGCTCTGGATTGAGCTCCAGAACTATGCAAGCTATCATGCACGAGACTCTGCAAACTCCGCGAGCAAAAGGGCTCATACTCAACACATTCGATCACCTCGAAGCATCCACGCTCCACCAAATCCGAACCCGAATTCCGAATCTCTACGCCGTCGGGCCGCTGCACGCCCACCTGCGAAGCAGACTAAACAGTTCAAACAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057804597.1
MVNLRGMEGVLRRRDLPSCCRSGLSSRTMQAIMHETLQTPRAKGLILNTFDHLEASTLHQIRTRIPNLYAVGPLHAHLRSRLNSSNTSSCSLWEEDKSCLTWLDQQPQESVVYVSFGSIVQLTREAQIEFWHGLVNSGKRFLWVMRPGSGGIPTEISRGIVVGWAPQEEVLAHPAVGGFLTHCGWNSTLESLVAGVPMICWPHFGDQHVNSRFVGDVWKIGRDMKDCCDRVTVEKMVRDVMEERSHEFLQRARDVAKSAR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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