当前解析结果
SmilChr04G001538| 统一新 Gene ID | SmilChr04G001538 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G001538 |
| 描述 | 7-deoxyloganetic acid glucosyl transferase-like |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 25292844 - 25295415 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131019976 |
|---|---|
| GeneID | 131019976 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131019976 |
| 原始查询 | SmilChr04G001538 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | 7-deoxyloganetic acid glucosyl transferase-like |
| 产物 | 7-deoxyloganetic acid glucosyl transferase-like |
| Arabidopsis | AT1G22400 (UGT85A1)UDP-Glycosyltransferase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838846] identity=37.2; qcov=1.01; evalue=9.38e-98; confidence=medium |
| Rice | Os07g0486700- identity=45; qcov=0.983; evalue=2.58e-129; confidence=medium |
| GO | GO:0008194 (UDP-glycosyltransferase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00201 (UDPGT) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131019976 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.80000 | XP_057804598.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.60000 | XP_057804598.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057804598.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057804598.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057804598.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:25293450 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B128,B39 |
Chr4:25293584 |
TG |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C80 |
Chr4:25293584 |
TG |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | C80 |
Chr4:25293742 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B105,B112,C9,D2 |
Chr4:25293941 |
CG |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B112 |
Chr4:25293941 |
CG |
C |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B112 |
Chr4:25294141 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B132 |
Chr4:25294180 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B35 |
Chr4:25294200 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B115,B132,B53,C42 |
Chr4:25294233 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B115,B53,C42 |
Chr4:25294855 |
AG |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B53 |
Chr4:25294855 |
AG |
A |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B53 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057804598.1PF00201
UDPGT 258-394 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057804598.1 |
Pfam | PF00201 |
UDPGT | Family | 258 | 394 | 4.6e-24 | 85.8 | UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。