Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G001539`

染色体: Chr04 坐标: 25346518-25349225 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G001539`
名称	SmilChr04G001539
描述	7-deoxyloganetic acid glucosyltransferase-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	25346518 - 25349225 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131019978`
GeneID	`131019978`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131019978`
原始查询	`SmilChr04G001539`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	7-deoxyloganetic acid glucosyltransferase-like
产物	7-deoxyloganetic acid glucosyltransferase-like
Arabidopsis	`AT1G22380` (UGT85A3) UDP-glucosyl transferase 85A3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838845] identity=35.6; qcov=1.01; evalue=3.84e-102; confidence=medium
Rice	`Os07g0486700` - identity=42.3; qcov=0.994; evalue=5.9e-119; confidence=medium
GO	GO:0008194 (UDP-glycosyltransferase activity)
KEGG	-
Pfam	PF00201 (UDPGT)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131019978

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057804599.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057804599.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057804599.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057804599.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057804599.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:25346729`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B46,B55,C23
`Chr4:25347020`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B126,C17
`Chr4:25347063`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B99,C48
`Chr4:25347107`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B36,C33,C42,C71
`Chr4:25347119`	`CG`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	21	A11,A15,A4,A9,B138,B31,B71,B9,B93,C19,C30,C31,C35,C45,C46,C47,C53,C62,C72,C74,C8
`Chr4:25347129`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C11,C69
`Chr4:25347151`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C11,C69
`Chr4:25347399`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B115,B53,C42
`Chr4:25347536`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B82,B99,C48
`Chr4:25348562`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A20,B58,B66,C19,C54
`Chr4:25348656`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B58,B66
`Chr4:25348750`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B58,B66

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057804599.1

473 aa

236

473

UDPGT

PF00201 UDPGT 260-401 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057804599.1`	Pfam	`PF00201`	UDPGT	Family	260	401	2.2e-23	83.6	UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057948616.1
AATGGGATGGAGGAAGTAATAAGATTAAATATACAAAAAATTATGAGATGCTATATCCTATCCAGAATATCAGATTGGCTCACTATTAAAGGAGGCAGAAATAGGCATTGAGGCTCTGCTCCAACAAGCAACGTTAACACAAACACGACCAATAAGTCAATAACTGTAGCATAAATAGACTCATCAAACTCGAATTACACTACAAACCTCTCAACTGTAGTTCAACAATTGACCTCAAGCTCCAATGGCTAAATCAGAAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131019978
ATGGCTAAATCAGAAGCAGCAGTATTGTGTCCTCACGTTATGATATTCCCACTGCCGCTGCAGGGCCCCGTGAAGTGCATGCTCAAACTCGCCGAAATGCTGAGCCTCGCCGGCATCCGAGTCACCTTCCTCAACAGCCACCACGTCCAGCGCCGCATCCCCGACTCCGCCGCCTACTTGACCACCAAGTATCGCAACTTCCGTTTCCAAACGCTCCCCGACGGCCTTCCCGACGACAATCCCCGCACGGGCGATCAGAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057804599.1
MAKSEAAVLCPHVMIFPLPLQGPVKCMLKLAEMLSLAGIRVTFLNSHHVQRRIPDSAAYLTTKYRNFRFQTLPDGLPDDNPRTGDQILNLLQSMEDVSQPLFRQILHSAATPVTCLIADGVFTFAARVAKDAGLPLLYFDTISPCGLWGLLSLPTLIQAGEVPFADEELDEVVGGMEGGVMRRRDLPSFCRIKDMKDPIIELVIKEAKHIPLAQGLIFNTFQHLDAPILSQMLSICPNIYAVGPLHAHLKTRLAADAASN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器