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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001546

染色体: Chr04 坐标: 25570353-25571856 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001546
名称SmilChr04G001546
描述uncharacterized SmilChr04G001546
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向25570353 - 25571856 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131019984
GeneID131019984
locus_tag-
NCBI NameLOC131019984
原始查询SmilChr04G001546

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述Myb/SANT-like DNA-binding domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817538]; symbol=AT2G29880; hit=AT2G29880; species=arabidopsis; confidence=low
产物Myb/SANT-like DNA-binding domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817538]; symbol=AT2G29880; hit=AT2G29880; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT2G29880 (AT2G29880)
Myb/SANT-like DNA-binding domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817538]
identity=50; qcov=0.365; evalue=8.91e-18; confidence=low
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131019984

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057804605.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057804605.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057804605.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057804605.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057804605.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:25570686 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A21,B102,B123,B88,B89
Chr4:25570687 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B75,B9,C81
Chr4:25570690 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D3
Chr4:25570693 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D2
Chr4:25570712 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 36 A11,A15,A3,A4,A9,B117,B120,B130,B136,B138,B19,B31,B38,B44,B63,B71,B75,B93,B99,C13,C17,C19,C23,C30,C31,C32,C45,C46,C47,C72,C74,C8,C85,C9,D7,D9
Chr4:25570737 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 8 B43,B46,B73,B87,C16,C22,C3,D6
Chr4:25570759 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 79 A10,A14,A2,A25,A5,B104,B113,B114,B118,B119,B122,B123,B126,B132,B133,B135,B14,B140,B15,B20,B22,B23,B24,B29,B33,B36,B40,B44,B47,B48,B49,B50,B52,B53,B63,B66,B76,B78,B84,B85,B87,B88,B91,B94,B99,C1,C10,C17,C2,C33,C35,C37,C39,C4,C42,C43,C44,C46,C52,C53,C57,C58,C59,C63,C65,C67,C69,C71,C75,C76,C78,C79,C8,C82,C84,C85,C87,D3,D6
Chr4:25570762 T TA 1bp_insertion frameshift_variant 5 B125,B20,B49,C76,D6
Chr4:25570762 T TA 1bp_insertion CDS_variant 5 B125,B20,B49,C76,D6
Chr4:25570770 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B111
Chr4:25570790 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 9 A2,A4,B101,B52,B59,B85,C16,C27,C63
Chr4:25570807 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C70

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057948622.1
GATTTTTTTTCCCTCATTCCACAGACGCCAACTCCAAAAATATACCACAGAAGCAGACTTCAAAAAGAAGACAAGTTTAGGGTTCTATATTAGCTTTTAGCCAGTAATATTATTATGGGACTCTCAACCACAAGATTCCAAAAAAATGGCAGTGTATGAAGCATGGACAAAGGAACAAAGTGATGCCTTGTTAGGAATTCTGGTTGAATCTGCACATAGGGGATGGCGCGATAATAGTGGTTTATTTAGCAAAGCCACAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131019984
ATGAAAGACTTAGGTGCAATAAAAATTATAATCACTACCAAAGTCGTATCAAATGGTTTAAGAGCCGTTGGAATGCTTATTCAACACTCTTGGTTTAAGAGCCGTTTTGGCTATGACAACAACACCAAAAAATTCACGGCCTCAGTTGAAGTATGGGATGCGTATATAGAGGCTCACCCAAAAGATGCATACTTACGCACTGGGAGTTTTTCGGATTTTGAAGACTTGGGGCTTGCTGTTGAAAACGGTGTGGCTGTAGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057804605.1
MKDLGAIKIIITTKVVSNGLRAVGMLIQHSWFKSRFGYDNNTKKFTASVEVWDAYIEAHPKDAYLRTGSFSDFEDLGLAVENGVAVGRNAIGLGSATDARTIGVDESRGPHIEELNYDADNEAFVVLGQDDPPLSGSKSPLAFTEVPVESTQRRAPAKRSRGQFETNSGHTEIVRIRSSWQKLKKSLAQWIELKASS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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