当前解析结果
SmilChr04G001558| 统一新 Gene ID | SmilChr04G001558 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G001558 |
| 描述 | probable sugar phosphate/phosphate translocator At3g11320 |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 25839663 - 25842702 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131019992 |
|---|---|
| GeneID | 131019992 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131019992 |
| 原始查询 | SmilChr04G001558 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | probable sugar phosphate/phosphate translocator At3g11320 |
| 产物 | probable sugar phosphate/phosphate translocator At3g11320 |
| Arabidopsis | AT3G11320 (AT3G11320)Nucleotide-sugar transporter family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820304] identity=87.9; qcov=0.99; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os03g0286300- identity=84.8; qcov=0.981; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0005794 (Golgi apparatus); GO:0015297 (antiporter activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03151 (TPT); PF08449 (UAA) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131019992 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 1.00000 | XP_057804610.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057804610.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057804610.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057804610.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057804610.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:25840107 |
CG |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B49 |
Chr4:25840107 |
CG |
C |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B49 |
Chr4:25840302 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B122,B2,C11,C69 |
Chr4:25841239 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B125 |
Chr4:25842192 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B35,B59 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057804610.1PF03151
TPT 15-302 aa
PF08449
UAA 30-304 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057804610.1 |
Pfam | PF03151 |
TPT | Family | 15 | 302 | 5e-46 | 158.1 | Triose-phosphate Transporter family |
XP_057804610.1 |
Pfam | PF08449 |
UAA | Family | 30 | 304 | 4.7e-15 | 56.2 | UAA transporter family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。