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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001581

染色体: Chr04 坐标: 26296133-26297296 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001581
名称SmilChr04G001581
描述early nodulin-like protein 6
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向26296133 - 26297296 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020014
GeneID131020014
locus_tag-
NCBI NameLOC131020014
原始查询SmilChr04G001581

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述early nodulin-like protein 6
产物early nodulin-like protein 6
ArabidopsisAT1G48940 (ENODL6)
early nodulin-like protein 6 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841316]
identity=60.5; qcov=0.653; evalue=2.61e-48; confidence=medium
RiceOs04g0673800 (OsENODL14)
-
identity=62; qcov=0.599; evalue=2.83e-46; confidence=medium
GOGO:0005886 (plasma membrane); GO:0009055 (electron transfer activity)
KEGG-
PfamPF02298 (Cu_bind_like)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020014

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057804629.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057804629.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057804629.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057804629.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057804629.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:26296764 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B136,B60,B75,C37
Chr4:26296808 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B136,B75,C37
Chr4:26296832 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B35,B41,B53
Chr4:26296898 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B40,B88
Chr4:26296946 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C64
Chr4:26296964 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A1,B49,C71
Chr4:26296991 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B123,B14,B44,B74,C67
Chr4:26297024 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B79

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057804629.1
167 aa
N
1
84
167
Cu_bind_like
C
PF02298 Cu_bind_like 40-118 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057804629.1 Pfam PF02298 Cu_bind_like Domain 40 118 2.3e-19 69.9 Plastocyanin-like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057948646.1
GAGGTTTTTCACTGCAATCTTTTTGTTGAAGCAGCCCTATATATCTCAAGTTTGAATATCCATTCACGTTTCTAACCAGTTAAAGCAGAAGCAAAACCAAAAAATTAATCTCTTGAAATGGCTTCGAGTTTATCATTCCCTTTAACCCTACTGGTAATCTCAATGCTGTGTATACACGCAGTGGAGTGTGTGGAGTTGGATGTTGGAGGAGACAACGGGTGGGCCACTCCTTCATCAAAGAATCAACTCTTCTACAACGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131020014
ATGGCTTCGAGTTTATCATTCCCTTTAACCCTACTGGTAATCTCAATGCTGTGTATACACGCAGTGGAGTGTGTGGAGTTGGATGTTGGAGGAGACAACGGGTGGGCCACTCCTTCATCAAAGAATCAACTCTTCTACAACGACTGGGCTTCCAAGAATAGATTCAACGTCAACGACACCCTCAGGTTCGCTTACAAGAAGGACTCGGTGATGGTGGTGACGGAGGAGGAATACGAGAAATGCCGGTCGTCGCACCCCGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057804629.1
MASSLSFPLTLLVISMLCIHAVECVELDVGGDNGWATPSSKNQLFYNDWASKNRFNVNDTLRFAYKKDSVMVVTEEEYEKCRSSHPVFFANNGDTAFVLERPGLFYFISGVATHCQRGLKMIVKVLEPESPPQTAAPAEKSAAVSAVFAAAEFVFLAAASLLGVVFM

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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