当前解析结果
SmilChr04G001582| 统一新 Gene ID | SmilChr04G001582 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G001582 |
| 描述 | late embryogenesis abundant protein B19.1A-like |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 26301584 - 26302209 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131020015 |
|---|---|
| GeneID | 131020015 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131020015 |
| 原始查询 | SmilChr04G001582 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | late embryogenesis abundant protein B19.1A-like |
| 产物 | late embryogenesis abundant protein B19.1A-like |
| Arabidopsis | AT2G40170 (GEA6)Stress induced protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818608] identity=81.7; qcov=0.989; evalue=7.48e-48; confidence=medium |
| Rice | Os05g0349800 (Em*)- identity=77.9; qcov=1.01; evalue=3.35e-45; confidence=medium |
| GO | GO:0005829 (cytosol); GO:0009737 (response to abscisic acid) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00477 (LEA_5) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131020015 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057804630.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.80000 | XP_057804630.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.40000 | XP_057804630.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057804630.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057804630.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:26301930 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B46,B55,C23 |
Chr4:26302023 |
CAG |
C |
2bp_deletion | frameshift_variant | 7 | A2,B19,B61,B62,B87,C56,C81 |
Chr4:26302049 |
CT |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 70 | A14,A19,A2,A6,A7,A8,B10,B100,B102,B104,B106,B107,B109,B111,B113,B119,B120,B123,B134,B138,B19,B21,B26,B29,B3,B34,B36,B37,B40,B41,B45,B5,B61,B62,B7,B72,B73,B75,B8,B80,B83,B87,B94,B97,C12,C15,C20,C24,C26,C28,C3,C38,C40,C50,C51,C56,C6,C61,C64,C66,C77,C78,C81,C82,C83,D1,D11,D2,D7,D9 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057804630.1PF00477
LEA_5 1-60 aa
PF00477
LEA_5 44-89 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057804630.1 |
Pfam | PF00477 |
LEA_5 | Disordered | 1 | 60 | 1.6e-48 | 164.3 | Small hydrophilic plant seed protein |
XP_057804630.1 |
Pfam | PF00477 |
LEA_5 | Disordered | 44 | 89 | 1.6e-48 | 164.3 | Small hydrophilic plant seed protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。