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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001582

染色体: Chr04 坐标: 26301584-26302209 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001582
名称SmilChr04G001582
描述late embryogenesis abundant protein B19.1A-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向26301584 - 26302209 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020015
GeneID131020015
locus_tag-
NCBI NameLOC131020015
原始查询SmilChr04G001582

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述late embryogenesis abundant protein B19.1A-like
产物late embryogenesis abundant protein B19.1A-like
ArabidopsisAT2G40170 (GEA6)
Stress induced protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818608]
identity=81.7; qcov=0.989; evalue=7.48e-48; confidence=medium
RiceOs05g0349800 (Em*)
-
identity=77.9; qcov=1.01; evalue=3.35e-45; confidence=medium
GOGO:0005829 (cytosol); GO:0009737 (response to abscisic acid)
KEGG-
PfamPF00477 (LEA_5)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020015

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057804630.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057804630.1
3 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057804630.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057804630.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057804630.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:26301930 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B46,B55,C23
Chr4:26302023 CAG C 2bp_deletion frameshift_variant 7 A2,B19,B61,B62,B87,C56,C81
Chr4:26302049 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 70 A14,A19,A2,A6,A7,A8,B10,B100,B102,B104,B106,B107,B109,B111,B113,B119,B120,B123,B134,B138,B19,B21,B26,B29,B3,B34,B36,B37,B40,B41,B45,B5,B61,B62,B7,B72,B73,B75,B8,B80,B83,B87,B94,B97,C12,C15,C20,C24,C26,C28,C3,C38,C40,C50,C51,C56,C6,C61,C64,C66,C77,C78,C81,C82,C83,D1,D11,D2,D7,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057804630.1
94 aa
N
1
47
94
LEA_5
LEA_5
C
PF00477 LEA_5 1-60 aa PF00477 LEA_5 44-89 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057804630.1 Pfam PF00477 LEA_5 Disordered 1 60 1.6e-48 164.3 Small hydrophilic plant seed protein
XP_057804630.1 Pfam PF00477 LEA_5 Disordered 44 89 1.6e-48 164.3 Small hydrophilic plant seed protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057948647.1
ATAGCATATACATATACGCACAAGTGGGATATTGATCAGCAGCTTAATTAATTAAAAGTGTGATTAGTTAGCATGGCATCCCAGCAACAGCATAGGTCTGAGCTCGACGCCAAGGCCAGGCAGGGAGAGACGGTGGTCCCCGGCGGCACCGGCGGCAAAAGCCTCGAGGCCCAGGAACACCTTGCTGAAGGGAGAAGCCGAGGAGGGCAGACTCGGAGGGAGCAGCTGGGGACGGAGGGTTACCAGGAGATGGGGCGCAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131020015
ATGGCATCCCAGCAACAGCATAGGTCTGAGCTCGACGCCAAGGCCAGGCAGGGAGAGACGGTGGTCCCCGGCGGCACCGGCGGCAAAAGCCTCGAGGCCCAGGAACACCTTGCTGAAGGGAGAAGCCGAGGAGGGCAGACTCGGAGGGAGCAGCTGGGGACGGAGGGTTACCAGGAGATGGGGCGCAAAGGAGGGCTGAGCAGCGGCGACAAGTCCGGCGGCGAGCGGGCGGAGGAGGAGGGAGTGGAGATCGATGAGTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057804630.1
MASQQQHRSELDAKARQGETVVPGGTGGKSLEAQEHLAEGRSRGGQTRREQLGTEGYQEMGRKGGLSSGDKSGGERAEEEGVEIDESKFRTKNT

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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