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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001590

染色体: Chr04 坐标: 26481274-26482134 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001590
名称SmilChr04G001590
描述uncharacterized SmilChr04G001590
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向26481274 - 26482134 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131023216
GeneID131023216
locus_tag-
NCBI NameLOC131023216
原始查询SmilChr04G001590

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述SNF7 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825381]; symbol=AT3G62080; hit=AT3G62080; species=arabidopsis; confidence=low
产物SNF7 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825381]; symbol=AT3G62080; hit=AT3G62080; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT3G62080 (AT3G62080)
SNF7 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825381]
identity=43.8; qcov=0.369; evalue=5.66e-12; confidence=low
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131023216

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057808741.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057808741.1
3 Spindle pole body Spindle pole body 0.20000 XP_057808741.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057808741.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057808741.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:26481290 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 12 B102,B129,B35,B46,B61,B7,B72,B8,B84,C29,C5,C75
Chr4:26481339 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 7 B104,B105,B115,B15,C60,C69,C70
Chr4:26481359 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B115
Chr4:26481421 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B123
Chr4:26481443 G GGA 2bp_insertion frameshift_variant 1 B87
Chr4:26481443 G GGA 2bp_insertion CDS_variant 1 B87
Chr4:26481854 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr4:26481952 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr4:26481962 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr4:26481983 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr4:26481988 A AC 1bp_insertion frameshift_variant 47 A18,A9,B1,B105,B106,B111,B12,B129,B13,B132,B36,B4,B55,B60,B61,B63,B67,B68,B71,B72,B74,B77,B89,B91,B98,C20,C26,C29,C32,C33,C42,C48,C5,C53,C57,C61,C68,C71,C72,C73,C80,C85,C86,C9,D10,D2,D8
Chr4:26482000 G GCC 2bp_insertion frameshift_variant 30 A18,B1,B105,B106,B129,B13,B132,B36,B61,B63,B67,B68,B72,B89,B91,C26,C29,C32,C33,C42,C5,C53,C57,C71,C73,C80,C85,C9,D10,D2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952758.1
TTACTGCACTTAACTTGGACTGCTGAGAAGCTGGATAAGTAGCTTCATTTGATTGACCAACGTAATCCAAAAAACAGCAATTTAGCTTTAGCTTCTCTTCGAGAAGAAAACAAAAAGCTTGCCCTGAGATATGCCAAATAATTGAAGCTGGCATTTTAACTTAGAGATAGATGCTCGGCTCTATTGGATCAGGTGGAGAACTTTCTCCAGGCTATTTCCACATTATCATCTCAACTTTTTAATAATTTTCCTATTTATGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131023216
TTACTGCACTTAACTTGGACTGCTGAGAAGCTGGATAAGTAGCTTCATTTGATTGACCAACGTAATCCAAAAAACAGCAATTTAGCTTTAGCTTCTCTTCGAGAAGAAAACAAAAAGCTTGCCCTGAGATATGCCAAATAATTGAAGCTGGCATTTTAACTTAGAGATAGATGCTCGGCTCTATTGGATCAGGTGGAGAACTTTCTCCAGGCTATTTCCACATTATCATCTCAACTTTTTAATAATTTTCCTATTTATGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057808741.1
LLHLTWTAEKLDKXLHLIDQRNPKNSNLALASLREENKKLALRYAKXLKLAFXLRDRCSALLDQVENFLQAISTLSSQLFNNFPIYESLYLFALFDLKKIWSPLKRWRSPYRAADVLWQNPLEQTTTYGEKHDEYIEEEFKTLQLELYSKTSENAVAGEAVISEETDALSNASPNLHLKSERARKQEAECCTDQNMSN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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