当前解析结果
SmilChr04G001611| 统一新 Gene ID | SmilChr04G001611 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G001611 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr04G001611 |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 26799365 - 26800993 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131023217 |
|---|---|
| GeneID | 131023217 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131023217 |
| 原始查询 | SmilChr04G001611 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os12g0597300; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os12g0597300; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | AT1G06740 (MUG3)MuDR family transposase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3766669] identity=25.4; qcov=0.86; evalue=2.94e-33; confidence=low |
| Rice | Os12g0597300- identity=26.8; qcov=0.889; evalue=5.12e-39; confidence=low |
| GO | GO:0008270 (zinc ion binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00872 (Transposase_mut); PF10551 (MULE) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131023217 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057808742.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.20000 | XP_057808742.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057808742.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057808742.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057808742.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:26799383 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | D10,D11 |
Chr4:26799384 |
A |
AAC |
2bp_insertion | frameshift_variant | 4 | C13,C19,C38,C61 |
Chr4:26799384 |
A |
AAC |
2bp_insertion | CDS_variant | 4 | C13,C19,C38,C61 |
Chr4:26799386 |
TCG |
T |
2bp_deletion | frameshift_variant | 4 | C13,C19,C38,C61 |
Chr4:26799386 |
TCG |
T |
2bp_deletion | CDS_variant | 4 | C13,C19,C38,C61 |
Chr4:26799410 |
AGT |
A |
2bp_deletion | frameshift_variant | 54 | A2,A20,A23,A3,A8,B105,B111,B114,B12,B120,B129,B137,B16,B22,B28,B31,B34,B39,B4,B46,B49,B5,B6,B61,B63,B64,B65,B67,B68,B70,B85,B91,B97,C13,C15,C17,C19,C23,C28,C31,C36,C38,C43,C58,C61,C74,C76,C78,C79,C8,C84,C86,D4,D9 |
Chr4:26799414 |
T |
TCA |
2bp_insertion | frameshift_variant | 7 | B105,B23,C13,C19,C38,C61,C84 |
Chr4:26799432 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B106,B20 |
Chr4:26799433 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B55,B58 |
Chr4:26799438 |
GCT |
G |
2bp_deletion | frameshift_variant | 7 | B105,B23,C13,C19,C38,C61,C84 |
Chr4:26799450 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A20,A3,D9 |
Chr4:26799567 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B131,C8 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057808742.1PF00872
Transposase_mut 61-161 aa
PF10551
MULE 63-157 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057808742.1 |
Pfam | PF00872 |
Transposase_mut | Family | 61 | 161 | 3.5e-08 | 33.5 | Transposase, Mutator family |
XP_057808742.1 |
Pfam | PF10551 |
MULE | Domain | 63 | 157 | 2.3e-17 | 63.8 | MULE transposase domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。