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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001616

染色体: Chr04 坐标: 26929571-26934270 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001616
名称SmilChr04G001616
描述leucine-rich repeat receptor-like protein kinase TDR
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向26929571 - 26934270 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020048
GeneID131020048
locus_tag-
NCBI NameLOC131020048
原始查询SmilChr04G001616

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述leucine-rich repeat receptor-like protein kinase TDR
产物leucine-rich repeat receptor-like protein kinase TDR
ArabidopsisAT5G61480 (PXY)
Leucine-rich repeat protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836269]
identity=57.7; qcov=0.991; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0111800 (OsCLVATA)
-
identity=44.8; qcov=1.02; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation); GO:0033612 (receptor serine/threonine kinase binding)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF08263 (LRRNT_2); PF13855 (LRR_8); PF23598 (LRR_14)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020048

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057804665.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057804665.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057804665.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057804665.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057804665.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:26929756 G GC 1bp_insertion frameshift_variant 1 C19
Chr4:26929756 G GC 1bp_insertion CDS_variant 1 C19
Chr4:26929815 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C68
Chr4:26929981 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B59
Chr4:26931668 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B119
Chr4:26931668 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 B119
Chr4:26931777 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B110,C15,D4
Chr4:26931881 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A8
Chr4:26931984 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B68
Chr4:26931984 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 B68
Chr4:26932037 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B58,B66
Chr4:26932040 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B12,C57,D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057804665.1
967 aa
N
1
484
967
LRRNT_2
LRR_14
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF08263 LRRNT_2 24-62 aa PF23598 LRR_14 153-341 aa PF00560 LRR_1 163-183 aa PF00560 LRR_1 187-207 aa PF00560 LRR_1 236-257 aa PF00560 LRR_1 283-305 aa PF13855 LRR_8 307-366 aa PF00560 LRR_1 308-329 aa PF00560 LRR_1 332-351 aa PF13855 LRR_8 404-461 aa PF00560 LRR_1 427-448 aa PF00560 LRR_1 451-471 aa PF00560 LRR_1 522-544 aa PF00560 LRR_1 548-568 aa PF00069 Pkinase 694-949 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 694-951 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057804665.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 24 62 1.9e-08 35.1 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057804665.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 153 341 2.7e-33 115.9 Leucine-rich repeat region
XP_057804665.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 163 183 2.4e-54 170.2 Leucine Rich Repeat
XP_057804665.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 187 207 2.4e-54 170.2 Leucine Rich Repeat
XP_057804665.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 236 257 2.4e-54 170.2 Leucine Rich Repeat
XP_057804665.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 283 305 2.4e-54 170.2 Leucine Rich Repeat
XP_057804665.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 307 366 1.7e-41 140.5 Leucine rich repeat
XP_057804665.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 308 329 2.4e-54 170.2 Leucine Rich Repeat
XP_057804665.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 332 351 2.4e-54 170.2 Leucine Rich Repeat
XP_057804665.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 404 461 1.7e-41 140.5 Leucine rich repeat
XP_057804665.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 427 448 2.4e-54 170.2 Leucine Rich Repeat
XP_057804665.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 451 471 2.4e-54 170.2 Leucine Rich Repeat
XP_057804665.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 522 544 2.4e-54 170.2 Leucine Rich Repeat
XP_057804665.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 548 568 2.4e-54 170.2 Leucine Rich Repeat
XP_057804665.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 694 949 1.5e-44 153.1 Protein kinase domain
XP_057804665.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 694 951 2.4e-37 129.3 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057948682.1
TTCCTTTCTCTCCCTCCATGCCACACCAACACATTCCACTAACAGAAGTGAATCATCATGAAAAGCAAATTCAACTATCAAAACCTTCCCCACCTTAAATTTACTACTACTCTCCACATAGTAAAACATTTCCCAGTCACTTCCACAACCACCACCCGGAAACCATGACCCTTTTACCCATATTCCTCCACGTAGCATTTACCCTTCTCTCCACCGCCGCCGCCGCGACTCCGCCCTCGGACCTCCTATGCCTCCTCTCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131020048
ATGACCCTTTTACCCATATTCCTCCACGTAGCATTTACCCTTCTCTCCACCGCCGCCGCCGCGACTCCGCCCTCGGACCTCCTATGCCTCCTCTCTATAAAGTCCTCCTTCCAAGACCCCCTCAACACATTCCGCGACTGGGATCCCGCCACGGCGTGGTGCTCGTGGCCCGGCGTCGGCTGCGACAGCCGCACCCACCGCGTCACCACGCTGGATCTCTCCGGCCGCAACCTTTCCGGTGCCATAGCTCCCGACATCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057804665.1
MTLLPIFLHVAFTLLSTAAAATPPSDLLCLLSIKSSFQDPLNTFRDWDPATAWCSWPGVGCDSRTHRVTTLDLSGRNLSGAIAPDIKHLLHLHYLNLSRNSLNGPLQTTIFDLPNLTTLDIKYNFFNSSFPPGISMLTSLTKLDAFSNSFSGPLPEELAALGSLEYLNLGGSYFSGEIPPSYGGFARLKFLYLHGNSLSGRIPNELGLLKQLQHLELGYNTYAGGVPAQLSSLSGLVYLDISSANLSGDLPPELGRLAKL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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