Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G001623`

染色体: Chr04 坐标: 26994654-26998680 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G001623`
名称	SmilChr04G001623
描述	UDP-xylose transporter 2-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	26994654 - 26998680 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131020053`
GeneID	`131020053`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131020053`
原始查询	`SmilChr04G001623`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	UDP-xylose transporter 2-like
产物	UDP-xylose transporter 2-like
Arabidopsis	`AT2G30460` (AT2G30460) Nucleotide/sugar transporter family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817596] identity=75.3; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os05g0168700` (Os) - identity=75.4; qcov=0.963; evalue=7.81e-175; confidence=high
GO	GO:0005464 (UDP-xylose transmembrane transporter activity); GO:0005794 (Golgi apparatus); GO:0015297 (antiporter activity)
KEGG	-
Pfam	PF00892 (EamA); PF03151 (TPT)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131020053

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Golgi apparatus	高尔基体	1.00000	`XP_057804677.1`
2	Trans-golgi network	Trans-golgi network	0.20000	`XP_057804677.1`
3	Vesicle	囊泡	0.20000	`XP_057804677.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057804677.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057804677.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:26994924`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr4:26994946`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B134,B65,B77,C14,C4
`Chr4:26994992`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B100
`Chr4:26995008`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A13,B25,C13
`Chr4:26995225`	`A`	`AT`	1bp_insertion	frameshift_variant	4	B36,C33,C42,C71
`Chr4:26995225`	`A`	`AT`	1bp_insertion	CDS_variant	4	B36,C33,C42,C71
`Chr4:26995617`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B134,B65,B77,C14,C4
`Chr4:26996434`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B117,B128,B31
`Chr4:26998151`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B104,D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057804677.1

351 aa

176

351

TPT

EamA

PF03151 TPT 21-294 aa PF00892 EamA 155-294 aa

XP_057804678.1

351 aa

176

351

TPT

EamA

PF03151 TPT 21-294 aa PF00892 EamA 155-294 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057804677.1`	Pfam	`PF03151`	TPT	Family	21	294	1.5e-18	67.9	Triose-phosphate Transporter family
`XP_057804677.1`	Pfam	`PF00892`	EamA	Domain	155	294	4.1e-08	34.3	EamA-like transporter family
`XP_057804678.1`	Pfam	`PF03151`	TPT	Family	21	294	1.5e-18	67.9	Triose-phosphate Transporter family
`XP_057804678.1`	Pfam	`PF00892`	EamA	Domain	155	294	4.1e-08	34.3	EamA-like transporter family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057948695.1
AAAATAAACTAGAAAATTAGCTTAGCTTTTAAATCAGCTGCATATGCCCGCCTTCAATGGAGGACGAGATGCCTCAAACCGAACCCGCCTACCTCTCTACAAAGTTGACTCGATCACACTCTCTCTCTTTCACTCTCTCCCTCTCTCTCACACACAATCACACTCACACTGACTTGACAGAAACCTTCGTCTATCCCGTCGCGTGGTGTGCATACATCATAATCAGTGCGTTGTTGAAGCTAAAAAGATGAGCGAGACTA...

XM_057948694.1
GCATATGCCCGCCTTCAATGGAGGACGAGATGCCTCAAACCGAACCCGCCTACCTCTCTACAAAGTTGACTCGATCACACTCTCTCTCTTTCACTCTCTCCCTCTCTCTCACACACAATCACACTCACACTGACTTGACAGAAACCTTCGTCTATCCCGTCGCGTGGTGTGCATACATCATAATCAGGTGCGCTACGGCACACGCTCGTAACAGAAAAGCTCCACTCGAAGCATCCACACTGGCTGCTGACATTTTGCCC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131020053
ATGAGCGAGACTAAGAGGTTTCAGTTGGGGACGATCGGCGCGCTCACTCTGTCGGTGGTTTCCTCCGTTTCTATAGTGATCTGTAATAAAGCGCTTATGAGTACTCTGCATTTCATTTTCGCTACAACACTGACGAGCTGGCATCTCCTGGTTACTTTTTGTTCTCTTCATGTGGCACTATCGATGAAATTCTTTGAGCACAAACCAATAGATTTTCAAACTGTAATTGGATTTGGCATCTTAAATGGAATTTCAATTGG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057804677.1
MSETKRFQLGTIGALTLSVVSSVSIVICNKALMSTLHFIFATTLTSWHLLVTFCSLHVALSMKFFEHKPIDFQTVIGFGILNGISIGMLNLSLGFNSVGFYQMTKLAIIPCTVLLETLFLGKIFSRSIKLSLGFLLLGVGIATITDLQLNMLGSCLSFLAVVTTCVAQIMTNTIQKKYKISSTQLLYQSCLYQAMTLLISGPFLDRLLTKQNVYSFEYTPKVVGFIVLSCLISISVNFSTFLVIGKTSPVTYQVLGHLKT...

XP_057804678.1
MSETKRFQLGTIGALTLSVVSSVSIVICNKALMSTLHFIFATTLTSWHLLVTFCSLHVALSMKFFEHKPIDFQTVIGFGILNGISIGMLNLSLGFNSVGFYQMTKLAIIPCTVLLETLFLGKIFSRSIKLSLGFLLLGVGIATITDLQLNMLGSCLSFLAVVTTCVAQIMTNTIQKKYKISSTQLLYQSCLYQAMTLLISGPFLDRLLTKQNVYSFEYTPKVVGFIVLSCLISISVNFSTFLVIGKTSPVTYQVLGHLKT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器