Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G001625`

染色体: Chr04 坐标: 27012745-27017117 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G001625`
名称	SmilChr04G001625
描述	mini-chromosome maintenance complex-binding protein
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	27012745 - 27017117 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131020051`
GeneID	`131020051`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131020051`
原始查询	`SmilChr04G001625`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	mini-chromosome maintenance complex-binding protein
产物	mini-chromosome maintenance complex-binding protein
Arabidopsis	`AT2G40550` (ETG1) E2F target protein 1 (ETG1) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818650] identity=55.1; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os01g0166800` - identity=52.6; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0003682 (chromatin binding); GO:0006261 (DNA-templated DNA replication)
KEGG	-
Pfam	PF09739 (MCM_bind)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131020051

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057804674.1`
2	Nucleoplasm	核质	0.40000	`XP_057804674.1`
3	Chromosome	染色体	0.20000	`XP_057804674.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057804674.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057804674.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:27013829`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	C80
`Chr4:27013829`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C80
`Chr4:27014754`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B49
`Chr4:27014837`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C39,C75
`Chr4:27015343`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B140
`Chr4:27015409`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B35,B53,B98,C80
`Chr4:27015625`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B12,C57
`Chr4:27015701`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B117,B31
`Chr4:27015763`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C59,C84
`Chr4:27015783`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B35,B53
`Chr4:27015930`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B8,C83
`Chr4:27015945`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C39,C75

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057804674.1

594 aa

297

594

MCM_bind

PF09739 MCM_bind 44-590 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057804674.1`	Pfam	`PF09739`	MCM_bind	Family	44	590	2.1e-191	638.0	Mini-chromosome maintenance replisome factor

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057948691.1
TGGCGCGGGAAAATCAGCCGGAGCCATTTTTATTCCACCACCATCGCGAGAACCCTAGCTCGCATTTGACTCGAGAAACATAGCTCTCAAAGTTGAAAACGGTGAATCCGGAAGGAAACGGAAATCAGCGACTATGGTTGGGCTACCTTATGACTGCCTTGCCAACCCTCTCGGAGCCGTCCGATCGACGTTCGATAAGGCGGTGTCGTCCGGCTCCAATCTGGCGGCGCTCGACGGAAAGGACTGGGGCGCCGCCGAAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131020051
ATGGTTGGGCTACCTTATGACTGCCTTGCCAACCCTCTCGGAGCCGTCCGATCGACGTTCGATAAGGCGGTGTCGTCCGGCTCCAATCTGGCGGCGCTCGACGGAAAGGACTGGGGCGCCGCCGAAGTCTTCCGTCAGTTTCTCTTCGATGATGGCGGCCTGTCTCAGGTGCCGTTGCTTAATTCATCAACAATGAAATGGGTGCAACCCAATACTCTTGTTCGCTTTCGGGGCATGATACAAGATATGTTGGGCAATGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057804674.1
MVGLPYDCLANPLGAVRSTFDKAVSSGSNLAALDGKDWGAAEVFRQFLFDDGGLSQVPLLNSSTMKWVQPNTLVRFRGMIQDMLGNEFYVGAYKDGDKWRTSKFADAAHGPSDASSDMRIWERRLLYCTHVPGQNSWVECLPDAIRNPYIGAISPVREKRQREDEATMSDINMVEPGHAIEDSPNSKKMREDGVALEPFHLQKVVTDGSASNSSIPPVERNSFSCLVKIYDSPESDLKLNDVFEFVGIFTFDPDLTVSRD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器