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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G001641`

染色体: Chr04 坐标: 27325996-27332380 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G001641`
名称	SmilChr04G001641
描述	protein RETICULATA-RELATED 6, chloroplastic-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	27325996 - 27332380 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131020070`
GeneID	`131020070`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131020070`
原始查询	`SmilChr04G001641`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein RETICULATA-RELATED 6, chloroplastic-like
产物	protein RETICULATA-RELATED 6%2C chloroplastic-like
Arabidopsis	`AT3G56140` (AT3G56140) DUF399 family protein, putative (DUF399 and DUF3411) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824780] identity=70; qcov=0.909; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os01g0826900` - identity=64.4; qcov=0.907; evalue=0; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF04187 (Cofac_haem_bdg); PF11891 (RETICULATA-like)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131020070

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057804709.1`
2	Chloroplast membrane	叶绿体膜	0.80000	`XP_057804709.1`
3	Chloroplast thylakoid	类囊体	0.20000	`XP_057804709.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057804709.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057804709.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:27326233`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B33
`Chr4:27326260`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B136,B83,C59
`Chr4:27326280`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A2,A8,B54,D10,D11
`Chr4:27327922`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B125,B90,B92,C87
`Chr4:27327997`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B8,C83
`Chr4:27328036`	`GAT`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	6	B58,B66,B99,C2,C59,C84
`Chr4:27328040`	`C`	`CGG`	2bp_insertion	frameshift_variant	6	B58,B66,B99,C2,C59,C84
`Chr4:27328044`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B57,B88,C27,C55
`Chr4:27328099`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B140
`Chr4:27328141`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B104,B98,C80
`Chr4:27328446`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A24,B93,C24,C25
`Chr4:27328470`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A2,B54,D10,D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057804709.1

690 aa

345

690

Cofac_haem_bdg

RETICULATA-like

PF04187 Cofac_haem_bdg 98-322 aa PF11891 RETICULATA-like 429-608 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057804709.1`	Pfam	`PF04187`	Cofac_haem_bdg	Domain	98	322	4.5e-40	138.6	Haem-binding uptake, Tiki superfamily, ChaN
`XP_057804709.1`	Pfam	`PF11891`	RETICULATA-like	Family	429	608	1.7e-61	207.8	Protein RETICULATA-related

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057948726.1
GCCAAATGCAAGCTAACGGTGTACCTCTTCCCGCCACTAAACCAGACCGCCGAGATCCACCACTAAATTTACTCGCATATATCTTGCTCAAATATTCAAAATTCCTTTAATATTTGTTATTCCAAGCCTCAAATCAATCCCTTCTCTCCCATTGGTCTTCTCTCCAACCTCAAAAACAATCTTAAAAATGGCATTAACAGTCAAACCTCCGGGCTTCCATTTACTACCCAACAAAACCCACCGCCGCCACGTCCGCATTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131020070
ATGGCATTAACAGTCAAACCTCCGGGCTTCCATTTACTACCCAACAAAACCCACCGCCGCCACGTCCGCATTCCGGTGCTCTGCCGCCGTGCCACCGACGACGCATGTCCGGCGGCGAAGCGGCGGGACGTGCTCATCACTCCCCTGCTGGCCGTGGGAGCGTACGCGCTCCACTCAGCGGTGGCCAAGGCGGTAGAAGCTCCGGCGAAGGAGGAGGTGATAAACTCGAGGATTTACGACGCGACGGCGATAGGAGAGCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057804709.1
MALTVKPPGFHLLPNKTHRRHVRIPVLCRRATDDACPAAKRRDVLITPLLAVGAYALHSAVAKAVEAPAKEEVINSRIYDATAIGEPLALGKDKRKAWEKMMKARIVYLGEAEQVPTRDDKEVELEIVKSLRKRCLQVERPMSLALEAIPSDLQDHLNRYMDPRSNAEALKSLLTHWPSQRWQEYEPLLTYCRDNGVRLIACGLPLQILRTIQSEGVGGLSKGDRKKYAPPAGSGFITGFPSISRRTSSSSSSLDINFSS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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