Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G001647`

染色体: Chr04 坐标: 27392443-27394616 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G001647`
名称	SmilChr04G001647
描述	PRA1 family protein B3-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	27392443 - 27394616 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131020076`
GeneID	`131020076`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131020076`
原始查询	`SmilChr04G001647`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	PRA1 family protein B3-like
产物	PRA1 family protein B3-like
Arabidopsis	`AT2G38360` (PRA1.B4) prenylated RAB acceptor 1.B4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818416] identity=61.6; qcov=0.958; evalue=5.7e-94; confidence=high
Rice	`Os05g0474400` (OsPRA1) - identity=63.8; qcov=0.887; evalue=8.32e-73; confidence=high
GO	GO:0005783 (endoplasmic reticulum); GO:0005794 (Golgi apparatus); GO:0016192 (vesicle-mediated transport)
KEGG	-
Pfam	PF03208 (PRA1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131020076

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Golgi apparatus	高尔基体	0.80000	`XP_057804714.1`
2	Trans-golgi network	Trans-golgi network	0.20000	`XP_057804714.1`
3	Vacuole	液泡	0.20000	`XP_057804714.1`
4	Vacuole membrane	液泡膜	0.20000	`XP_057804714.1`
5	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057804714.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:27393775`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A8,B54,D10
`Chr4:27393814`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B33,C77
`Chr4:27393942`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A21,B75,C85
`Chr4:27394024`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B58,B66,B99,C2
`Chr4:27394027`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C59
`Chr4:27394028`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A2,B32,C25
`Chr4:27394038`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A2,A8,B54
`Chr4:27394057`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A2,B32,C25
`Chr4:27394202`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D3
`Chr4:27394205`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B115,B53,C42
`Chr4:27394372`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B57,B88,C55

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057804714.1

212 aa

106

212

PRA1

PF03208 PRA1 39-181 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057804714.1`	Pfam	`PF03208`	PRA1	Family	39	181	2.4e-49	167.3	PRA1 family protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057948731.1
TGTTATAAAATCTGAATCAAATACAGTTCATAGAACGCGTAAACGAAATGACTAGAGGGTTGACAGATTTTCCAAGTACTAAACCTGTGTGGAAACTTGGAAACCAACATCTGTAGTTGTGAAAGACTCGTGTGACTTTGAGAGTAAATACAAATCCAAATCTCACCGACGCGTGAGAATCGAAATCTGCCATCACAAATCTTCCCTCTCTACCAGCAATGGCCTCTCCGCCGACGCTCCCGATCTCCAACCCTCAATCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131020076
ATGGCCTCTCCGCCGACGCTCCCGATCTCCAACCCTCAATCGGAGTCTCAGCCGCCGATCGCCACCCCCGCCTTCCGCGCCTTCATATCCCGCCTCAACGCCAACATACGCAACGGCCTCGCCCAGCGCCGCCCCTGGCTGGAGCTTGTCGACCGCTCCTCTTTCTCCCGTCCCGACTCCCTCACCGATGCCGCCTCTCGCATCCGCAAAAATTTCTCCTATTTCCGCGTCAACTACGTCTCCCTCGTGGCCCTCTCCCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057804714.1
MASPPTLPISNPQSESQPPIATPAFRAFISRLNANIRNGLAQRRPWLELVDRSSFSRPDSLTDAASRIRKNFSYFRVNYVSLVALSLALSLLSHPGSLLVLLALLAAWVFLYLFRPADQPLVLGGRTFSDRETLGVLVVSTIVVVFLTSVGSLLISALLLGLAVVCTHGAFRMPEDLFLDDQEQVNTGFLSFLGGAASSAAAAAAPVVATRV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器