当前解析结果
SmilChr04G001661| 统一新 Gene ID | SmilChr04G001661 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G001661 |
| 描述 | kunitz trypsin inhibitor 5-like |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 27588407 - 27589223 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131019565 |
|---|---|
| GeneID | 131019565 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131019565 |
| 原始查询 | SmilChr04G001661 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | kunitz trypsin inhibitor 5-like |
| 产物 | kunitz trypsin inhibitor 5-like |
| Arabidopsis | AT1G17860 (AT1G17860)Kunitz family trypsin and protease inhibitor protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838365] identity=54.1; qcov=0.975; evalue=1.73e-68; confidence=high |
| Rice | Os04g0526600 (RASI)- identity=40.9; qcov=0.925; evalue=5.91e-35; confidence=medium |
| GO | GO:0004866 (endopeptidase inhibitor activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00197 (Kunitz_legume) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131019565 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 0.60000 | XP_057804126.1 |
| 2 | Vacuole | 液泡 | 0.60000 | XP_057804126.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057804126.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057804126.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057804126.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:27588801 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B76 |
Chr4:27588921 |
C |
CAG |
2bp_insertion | frameshift_variant | 9 | A23,A3,B104,B107,B30,C2,C34,C79,C87 |
Chr4:27589000 |
GTC |
G |
2bp_deletion | frameshift_variant | 2 | B122,B2 |
Chr4:27589000 |
GTC |
G |
2bp_deletion | CDS_variant | 2 | B122,B2 |
Chr4:27589037 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B51,C46 |
Chr4:27589073 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057804126.1PF00197
Kunitz_legume 27-199 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057804126.1 |
Pfam | PF00197 |
Kunitz_legume | Domain | 27 | 199 | 4.6e-61 | 206.5 | Trypsin and protease inhibitor |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。