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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001661

染色体: Chr04 坐标: 27588407-27589223 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001661
名称SmilChr04G001661
描述kunitz trypsin inhibitor 5-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向27588407 - 27589223 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131019565
GeneID131019565
locus_tag-
NCBI NameLOC131019565
原始查询SmilChr04G001661

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述kunitz trypsin inhibitor 5-like
产物kunitz trypsin inhibitor 5-like
ArabidopsisAT1G17860 (AT1G17860)
Kunitz family trypsin and protease inhibitor protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838365]
identity=54.1; qcov=0.975; evalue=1.73e-68; confidence=high
RiceOs04g0526600 (RASI)
-
identity=40.9; qcov=0.925; evalue=5.91e-35; confidence=medium
GOGO:0004866 (endopeptidase inhibitor activity)
KEGG-
PfamPF00197 (Kunitz_legume)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131019565

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 0.60000 XP_057804126.1
2 Vacuole 液泡 0.60000 XP_057804126.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057804126.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057804126.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057804126.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:27588801 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B76
Chr4:27588921 C CAG 2bp_insertion frameshift_variant 9 A23,A3,B104,B107,B30,C2,C34,C79,C87
Chr4:27589000 GTC G 2bp_deletion frameshift_variant 2 B122,B2
Chr4:27589000 GTC G 2bp_deletion CDS_variant 2 B122,B2
Chr4:27589037 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B51,C46
Chr4:27589073 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057804126.1
201 aa
N
1
100
201
Kunitz_legume
C
PF00197 Kunitz_legume 27-199 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057804126.1 Pfam PF00197 Kunitz_legume Domain 27 199 4.6e-61 206.5 Trypsin and protease inhibitor

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057948143.1
CACAGTCAAAGTTTTCATCTCAAGCGACCAACTGCCTTTAATTTAATCAACCAATGCTAAATTCAATATATATATAACCAAATCCACATCCAAATCAATACCAATATGAACACCACTCATCTCTCATTGTGTTGCATTCTCCTCTCCATTCTCATCTCCACCGCCACCGCAGCGCCTCCTCCTGTGCTCGACATCGAAGGGAAGCAGCTGCGGGCAGGAGCAGACTACTACATACTCCCCGTCGTCCGCGGCCGCGGTGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131019565
ATGAACACCACTCATCTCTCATTGTGTTGCATTCTCCTCTCCATTCTCATCTCCACCGCCACCGCAGCGCCTCCTCCTGTGCTCGACATCGAAGGGAAGCAGCTGCGGGCAGGAGCAGACTACTACATACTCCCCGTCGTCCGCGGCCGCGGTGGCGGCCTCACGCTGGCCGCCACCCGTAACGAAACTTGCCCTCTCGACGTGGTCCAAGAGCGGCTCGAGGTGAAAAATGGGCTCCCGCTGAGCTTCCGGCCCACCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057804126.1
MNTTHLSLCCILLSILISTATAAPPPVLDIEGKQLRAGADYYILPVVRGRGGGLTLAATRNETCPLDVVQERLEVKNGLPLSFRPTNGKKGVVRLSTDHNIKFSAASICVQSTVWKLHFDESIQKYTITTGGVEGNPGGQTLSNWFKIEKYDDDYKLVFCPTVCNYCKVICKDVGILVEEDGLRRLTLTDTAPFKLFFKRA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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