当前解析结果
SmilChr04G001662| 统一新 Gene ID | SmilChr04G001662 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G001662 |
| 描述 | putative GEM-like protein 8 |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 27592220 - 27593354 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131019563 |
|---|---|
| GeneID | 131019563 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131019563 |
| 原始查询 | SmilChr04G001662 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | putative GEM-like protein 8 |
| 产物 | putative GEM-like protein 8 |
| Arabidopsis | AT5G23370 (AT5G23370)GRAM domain-containing protein / ABA-responsive protein-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832401] identity=48.2; qcov=1.02; evalue=3.69e-66; confidence=high |
| Rice | Os02g0636700- identity=44.8; qcov=1.04; evalue=8.84e-68; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02893 (GRAM) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131019563 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057804124.1 |
| 2 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.40000 | XP_057804124.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057804124.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057804124.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057804124.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:27592725 |
G |
GAT |
2bp_insertion | frameshift_variant | 5 | B135,B95,C1,C25,C55 |
Chr4:27592725 |
G |
GAT |
2bp_insertion | CDS_variant | 5 | B135,B95,C1,C25,C55 |
Chr4:27592908 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B35,B75,B82 |
Chr4:27593108 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A24,B119,C42 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057804124.1PF02893
GRAM 102-211 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057804124.1 |
Pfam | PF02893 |
GRAM | Domain | 102 | 211 | 3.7e-13 | 50.0 | GRAM domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。