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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001662

染色体: Chr04 坐标: 27592220-27593354 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001662
名称SmilChr04G001662
描述putative GEM-like protein 8
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向27592220 - 27593354 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131019563
GeneID131019563
locus_tag-
NCBI NameLOC131019563
原始查询SmilChr04G001662

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述putative GEM-like protein 8
产物putative GEM-like protein 8
ArabidopsisAT5G23370 (AT5G23370)
GRAM domain-containing protein / ABA-responsive protein-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832401]
identity=48.2; qcov=1.02; evalue=3.69e-66; confidence=high
RiceOs02g0636700
-
identity=44.8; qcov=1.04; evalue=8.84e-68; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF02893 (GRAM)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131019563

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057804124.1
2 Cell membrane 细胞膜 0.40000 XP_057804124.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057804124.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057804124.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057804124.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:27592725 G GAT 2bp_insertion frameshift_variant 5 B135,B95,C1,C25,C55
Chr4:27592725 G GAT 2bp_insertion CDS_variant 5 B135,B95,C1,C25,C55
Chr4:27592908 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B35,B75,B82
Chr4:27593108 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A24,B119,C42

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057804124.1
221 aa
N
1
110
221
GRAM
C
PF02893 GRAM 102-211 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057804124.1 Pfam PF02893 GRAM Domain 102 211 3.7e-13 50.0 GRAM domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057948141.1
AGATTGAATCTTTGATGGAGAAAACCAAGGATCATGAGTTTGAAGATGGTTTTCCGACAAGATCGACTTCCTTGTCCGAACCTTCTAGCCCATCTCGGAGTCCCTCCTCCTCAGATCACTCCCTTCCCTTCACCGAAAATGAGGAGGTAGCTGCAGCTGGGAGGAATCAGAAGATGAAGAAACTGGAGAGGAAGGGAACCAGTTTTGCTTACAGAGTTCGCGAACACGTGAAGATGGGGCCAAAATTATCAGAAACAGTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131019563
ATGGAGAAAACCAAGGATCATGAGTTTGAAGATGGTTTTCCGACAAGATCGACTTCCTTGTCCGAACCTTCTAGCCCATCTCGGAGTCCCTCCTCCTCAGATCACTCCCTTCCCTTCACCGAAAATGAGGAGGTAGCTGCAGCTGGGAGGAATCAGAAGATGAAGAAACTGGAGAGGAAGGGAACCAGTTTTGCTTACAGAGTTCGCGAACACGTGAAGATGGGGCCAAAATTATCAGAAACAGTGAAGGGGAAGCTGAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057804124.1
MEKTKDHEFEDGFPTRSTSLSEPSSPSRSPSSSDHSLPFTENEEVAAAGRNQKMKKLERKGTSFAYRVREHVKMGPKLSETVKGKLSVGAKIIKKGGRENIFRDIFGVSDGEKLLKASQCYLSTTAGPIAGILFISTHKLSFCSERSITVHSSSGGLIRIPYKVSIPMKKIKAANESENVNNPTHKYIEIVTQDDYEFWFMGFVRYEKAVLNLRRAISMSN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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