Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G001668`

染色体: Chr04 坐标: 27651758-27653644 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G001668`
名称	SmilChr04G001668
描述	uncharacterized SmilChr04G001668
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	27651758 - 27653644 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131023224`
GeneID	`131023224`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131023224`
原始查询	`SmilChr04G001668`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	MuDR family transposase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3768859]; symbol=MUG7; hit=AT3G05850; species=arabidopsis; confidence=weak
产物	MuDR family transposase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3768859]; symbol=MUG7; hit=AT3G05850; species=arabidopsis; confidence=weak
Arabidopsis	`AT3G05850` (MUG7) MuDR family transposase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3768859] identity=24; qcov=1.03; evalue=3.41e-42; confidence=weak
Rice	`Os12g0597300` - identity=27.1; qcov=0.705; evalue=3.42e-41; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF00872 (Transposase_mut); PF10551 (MULE)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131023224

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057808749.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057808749.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057808749.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057808749.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057808749.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:27651770`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A25,B69,D9
`Chr4:27651867`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A3,C2
`Chr4:27651910`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A15
`Chr4:27651944`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B20,B71,C76
`Chr4:27651953`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A14,B36,C41
`Chr4:27651992`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B90
`Chr4:27651997`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B46,D10
`Chr4:27651998`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	44	A11,A15,A2,A24,A5,A7,A8,B10,B100,B106,B113,B114,B119,B132,B138,B140,B18,B2,B20,B26,B30,B4,B40,B49,B65,B79,B89,B9,B90,C17,C18,C23,C42,C47,C48,C56,C57,C59,C60,C72,C76,C80,C86,D8
`Chr4:27652000`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr4:27652053`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B3,B46,C38
`Chr4:27652117`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B133,B18,B3,B95
`Chr4:27652132`	`CT`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808749.1

628 aa

314

628

Transposase_mut

MULE

PF00872 Transposase_mut 407-508 aa PF10551 MULE 409-503 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057808749.1`	Pfam	`PF00872`	Transposase_mut	Family	407	508	9.9e-12	45.1	Transposase, Mutator family
`XP_057808749.1`	Pfam	`PF10551`	MULE	Domain	409	503	8.5e-21	74.9	MULE transposase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057952766.1
ATGAGTCGACCTGAGATTATTATACATTATGGTGGTGAATTGGTGAATGACAAGTATCTTGGTGGACAAAGAAGGTTTCACTTAATTCCTCCTGATGGATTGAAGTATTCGAGCTTGATTAGTCATATTCATTTGCTAGTTGCAGTTGATATGAGCTCTATGTGTTATCTATTAAGTTCTGTTGTTGTGGCACCTGATGGAGATAACATTGTAATGAATGTTATGAATGATTTGGATTTGCAGTATGTTATTGATACTTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131023224
ATGAGTCGACCTGAGATTATTATACATTATGGTGGTGAATTGGTGAATGACAAGTATCTTGGTGGACAAAGAAGGTTTCACTTAATTCCTCCTGATGGATTGAAGTATTCGAGCTTGATTAGTCATATTCATTTGCTAGTTGCAGTTGATATGAGCTCTATGTGTTATCTATTAAGTTCTGTTGTTGTGGCACCTGATGGAGATAACATTGTAATGAATGTTATGAATGATTTGGATTTGCAGTATGTTATTGATACTTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057808749.1
MSRPEIIIHYGGELVNDKYLGGQRRFHLIPPDGLKYSSLISHIHLLVAVDMSSMCYLLSSVVVAPDGDNIVMNVMNDLDLQYVIDTSEVPKVFVTVSPRLLAGPVVGDGFVNDNLYENIDDIDFYLDDGDEVSDDQDSLDDLDDDLQQDVPTVVRSRHIVPPLPSSSFVNDGLDDQSINVDTSSMRQWIIPGAMYQASLPVDGAIDVELYSRDSLAVGSTYMDKDSMITALGLYHLKNRVEFVVSRSSTSRFNANCKYPD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器