Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G001672`

染色体: Chr04 坐标: 27685651-27686796 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G001672`
名称	SmilChr04G001672
描述	uncharacterized SmilChr04G001672
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	27685651 - 27686796 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131023227`
GeneID	`131023227`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131023227`
原始查询	`SmilChr04G001672`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	OJ1720_F04.106; symbol=OJ1720_F04.106; hit=Os07g0563400; species=rice; confidence=low
产物	OJ1720_F04.106; symbol=OJ1720_F04.106; hit=Os07g0563400; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT5G54300` (AT5G54300) cotton fiber-like protein (DUF761) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835518] identity=32; qcov=0.336; evalue=1.47e-10; confidence=low
Rice	`Os07g0563400` (OJ1720_F04.106) - identity=37.7; qcov=0.341; evalue=4.06e-15; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF05553 (DUF761)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131023227

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endoplasmic reticulum	内质网	0.60000	`XP_057808751.1`
2	Nucleus membrane	核膜	0.40000	`XP_057808751.1`
3	Cell membrane	细胞膜	0.20000	`XP_057808751.1`
4	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	0.20000	`XP_057808751.1`
5	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057808751.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:27685720`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B82
`Chr4:27686114`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B122,B2
`Chr4:27686322`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B91
`Chr4:27686482`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B40,C57
`Chr4:27686492`	`GT`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B126
`Chr4:27686492`	`GT`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B126
`Chr4:27686494`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B126
`Chr4:27686701`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B134,B65,B77

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808751.1

381 aa

190

381

DUF761

PF05553 DUF761 345-377 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057808751.1`	Pfam	`PF05553`	DUF761	Family	345	377	7.6e-10	38.9	Cotton fibre expressed protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057952768.1
ATGCCATTTCTGTTTGTAGACAGTTTAGCTGAGAACAACTACAGTAGATTTGTACAGATCTCAGGCAAAATCTTGGAGCTGCTGCTCTTATCAATGGGCCTCATCTCCAGTGTTGTGGTGATGAAAGAGGCAGTTTACGAGATTGTTTTCTCCAGCCTTATGGGATTTTGGAATTCCATTACATGCTTCCTGTCTTCTCCTCTCAGTATCATTTTCGCCATCAATCTCATGGTCATCCTCATATTAGCCTCCTCCGCCTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131023227
ATGCCATTTCTGTTTGTAGACAGTTTAGCTGAGAACAACTACAGTAGATTTGTACAGATCTCAGGCAAAATCTTGGAGCTGCTGCTCTTATCAATGGGCCTCATCTCCAGTGTTGTGGTGATGAAAGAGGCAGTTTACGAGATTGTTTTCTCCAGCCTTATGGGATTTTGGAATTCCATTACATGCTTCCTGTCTTCTCCTCTCAGTATCATTTTCGCCATCAATCTCATGGTCATCCTCATATTAGCCTCCTCCGCCTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057808751.1
MPFLFVDSLAENNYSRFVQISGKILELLLLSMGLISSVVVMKEAVYEIVFSSLMGFWNSITCFLSSPLSIIFAINLMVILILASSAFSRRRQQPYDQHQQTTTLLDVDVDDLVEPPPIWDDVVEATPPPPPPPYAPPIWDVVEATQPPPTSAPPICDAVPQPPPSAPPIWDVVQVTPPPQPPSRNSSSSTSLQRSSGTSWYHDASSTQVLVGKATLPSPKDQPEETSTVTAAVPNPLEKWKDVFVEEEGDNTLDATWEAI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器