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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001678

染色体: Chr04 坐标: 27785733-27787876 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001678
名称SmilChr04G001678
描述putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g15130
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向27785733 - 27787876 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131019556
GeneID131019556
locus_tag-
NCBI NameLOC131019556
原始查询SmilChr04G001678

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g15130
产物putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g15130
ArabidopsisAT3G15130 (AT3G15130)
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820744]
identity=34.8; qcov=0.976; evalue=2.08e-118; confidence=low
RiceOs04g0676200
-
identity=47.9; qcov=0.701; evalue=1.86e-127; confidence=high
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF20431 (E_motif)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131019556

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057804115.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057804115.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057804115.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057804115.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057804115.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:27787059 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B67,C30,C35,C74
Chr4:27787122 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B67,C30,C74
Chr4:27787296 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B114
Chr4:27787357 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B114,C57
Chr4:27787445 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B39
Chr4:27787445 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 B39

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057804115.1
572 aa
N
1
286
572
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR_1
PPR_3
PPR_2
PPR
E_motif
C
PF01535 PPR 53-83 aa PF13041 PPR_2 81-128 aa PF01535 PPR 84-113 aa PF01535 PPR 259-285 aa PF01535 PPR 287-317 aa PF01535 PPR 361-387 aa PF12854 PPR_1 387-415 aa PF13812 PPR_3 387-432 aa PF13041 PPR_2 387-433 aa PF01535 PPR 389-416 aa PF20431 E_motif 504-566 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057804115.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 53 83 6.7e-53 174.0 PPR repeat
XP_057804115.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 81 128 2.1e-61 204.6 PPR repeat family
XP_057804115.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 84 113 6.7e-53 174.0 PPR repeat
XP_057804115.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 259 285 6.7e-53 174.0 PPR repeat
XP_057804115.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 287 317 6.7e-53 174.0 PPR repeat
XP_057804115.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 361 387 6.7e-53 174.0 PPR repeat
XP_057804115.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 387 415 4.7e-31 106.9 PPR repeat
XP_057804115.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 387 432 1.9e-27 95.8 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057804115.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 387 433 2.1e-61 204.6 PPR repeat family
XP_057804115.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 389 416 6.7e-53 174.0 PPR repeat
XP_057804115.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 504 566 1.4e-12 48.4 E motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057948132.1
ATTTGTGCCTCTTCTGTTCTTCCCTAATGAGAAACAGGTCCAGCAAAAGAAACCCCGGACTGCATCTCAAGACTCTTCTCTTCTTCGAAATCCAGATTGGGGCAAAAAAAGCAAAATCTTTTACAAGCTTCATTGCTGTTGACATCGAAGCGATCACCGCCATTTCATCCTTATTTCTCTCTGCAATTCTCCATCACCACTTTGTATGTACAATCTCATGTTACTTCCTCAACTCAAAAAGTTCCACACATCAACAACCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131019556
ATGTACAATCTCATGTTACTTCCTCAACTCAAAAAGTTCCACACATCAACAACCACTACCATTCTGCGCCACTGCGTCGAGACTTCCAACTTGCCAAAAGCCAAAGCAATACACGCAAAGCTCATCAAAACATCCCAACACGAATCAGATTCCTTATTCACCCACAACCATCTCATCAACGCCTACGTCAAATGTGGGGACACCGCGAGTGGCCTCCAACTGTTCGACGAAATGCCTGAGAGGAACGTTGTGTCGTGGAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057804115.1
MYNLMLLPQLKKFHTSTTTTILRHCVETSNLPKAKAIHAKLIKTSQHESDSLFTHNHLINAYVKCGDTASGLQLFDEMPERNVVSWTALIAGFVQKGFPAETLSLFSDMHRSSIRPNEFTFVSVLHACSFAQTFHLICAFQVFAMVIKFGFENNVYLVNALLTTLIRNAELDEAAKVFEECFNRDIVSWNAVFDGFLKFSCNCIPNFWRRMIFEGVKPDAFTFATVLTGLADLSNLETGLRVHALLIKSGHRSERCVGNA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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