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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001682

染色体: Chr04 坐标: 27832802-27833926 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001682
名称SmilChr04G001682
描述uncharacterized SmilChr04G001682
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向27832802 - 27833926 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131019566
GeneID131019566
locus_tag-
NCBI NameLOC131019566
原始查询SmilChr04G001682

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131019566

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057804127.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057804127.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057804127.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057804127.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057804127.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:27833263 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr4:27833274 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 24 A10,B10,B110,B126,B131,B133,B16,B23,B3,B32,B33,B40,B78,C2,C20,C39,C49,C50,C64,C66,C7,C83,D10,D2
Chr4:27833446 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7
Chr4:27833479 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A22,B21,B23,B64,C73
Chr4:27833525 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B50
Chr4:27833549 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B131
Chr4:27833613 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 17 A10,A2,A6,B111,B12,B15,B40,B46,B5,B57,B76,B82,B83,C25,C53,C6,C62
Chr4:27833626 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr4:27833646 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B121
Chr4:27833650 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B104
Chr4:27833650 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr4:27833667 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 84 A1,A10,A14,A20,A21,A23,A9,B1,B101,B11,B111,B114,B117,B118,B12,B121,B128,B129,B130,B136,B139,B14,B18,B20,B21,B22,B29,B3,B31,B32,B37,B39,B41,B49,B50,B52,B57,B61,B62,B67,B68,B71,B75,B76,B79,B80,B82,B87,B88,B89,B90,B98,B99,C15,C16,C22,C23,C24,C27,C28,C3,C33,C36,C48,C5,C51,C52,C54,C55,C57,C58,C60,C61,C64,C67,C68,C69,C7,C73,C75,C79,C80,C87,D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057948144.1
TTGTAGGTGGAAGGGAAGAATTTGCCCAAGAATAAAAAAAATTCTTGAAAAGAATGCTGCCAATGTCCATGAGTGTATTCCAATCAAAGGGGATAACACTCACTATGAGATTAAATGTCATAATGGGGACCAGTTTCTTGTTGATCTAGATGAAAGGACCTGTAGCTGTAGAGTATGGAGTTTAAGTGGAGTACCATGCAAACATGCCATATGTGCTATTAACCATCAAAAGGGTGATAGAGATGACTATGTCCATGATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131019566
ATGGAGAGAGGAAAAGGTAAGCAAGCATTTGCTAGAAGAAAAGAGCCTGATGAGAAAGTTGAGAAACTGAAGAAGAAGAGGAAGATCGAACTTAGAAGAAGACAACGAACATTAAAGTGCAAAAAATGTGGAGTTGAAGGTCACAATTCTGTTACATGTGGCAGGGACGAGGTGATGAATAATCTCCCAAGTGGCAGTGAAAGAGCAACTGGTGAATCAAGTGGGAGCATACTAACTCAAGTGTGTAGTGCTTCAATGCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057804127.1
MERGKGKQAFARRKEPDEKVEKLKKKRKIELRRRQRTLKCKKCGVEGHNSVTCGRDEVMNNLPSGSERATGESSGSILTQVCSASMRPPQISHTDEQDDQMEHIEISTQVSQSKAASVPGPSMLQQLYQGKFQNQGQLILQSGKKFGSLAELQTKKK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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