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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001701

染色体: Chr04 坐标: 28138086-28149866 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001701
名称SmilChr04G001701
描述putative receptor-like protein kinase At5g39000
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向28138086 - 28149866 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131019587
GeneID131019587
locus_tag-
NCBI NameLOC131019587
原始查询SmilChr04G001701

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述putative receptor-like protein kinase At5g39000
产物putative receptor-like protein kinase At5g39000
ArabidopsisAT3G62220 (AT3G62220)
Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825395]
identity=63; qcov=0.51; evalue=3.1e-99; confidence=medium
RiceOs05g0135800 (RLCK178)
-
identity=66.9; qcov=0.502; evalue=2.61e-101; confidence=medium
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131019587

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057804146.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057804146.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057804146.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057804146.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057804146.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:28138282 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B124,B79
Chr4:28138537 C CCA 2bp_insertion frameshift_variant 18 A22,A5,B120,B121,B122,B126,B133,B2,B46,B48,B55,B62,B67,B81,B88,C17,C23,C37
Chr4:28138546 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B128
Chr4:28138645 A ACT 2bp_insertion frameshift_variant 1 C82
Chr4:28138645 A ACT 2bp_insertion CDS_variant 1 C82
Chr4:28139131 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B117,B31,B41
Chr4:28139652 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A7
Chr4:28140391 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B57,B88,C27,C55
Chr4:28140394 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 1 B58
Chr4:28140394 C CT 1bp_insertion CDS_variant 1 B58
Chr4:28140814 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B54,C15
Chr4:28140826 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A24,B119,C42

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057804146.1
1387 aa
N
1
694
1387
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 458-728 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 461-731 aa PF00069 Pkinase 866-1126 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 867-1132 aa
XP_057804147.1
1139 aa
N
1
570
1139
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 210-480 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 213-483 aa PF00069 Pkinase 618-878 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 619-884 aa
XP_057804148.1
488 aa
N
1
244
488
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
C
PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 13-233 aa PF00069 Pkinase 14-227 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057804146.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 458 728 1.5e-79 267.8 Protein kinase domain
XP_057804146.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 461 731 6.7e-90 301.6 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057804146.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 866 1126 1.5e-79 267.8 Protein kinase domain
XP_057804146.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 867 1132 6.7e-90 301.6 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057804147.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 210 480 7.8e-80 268.8 Protein kinase domain
XP_057804147.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 213 483 3.4e-90 302.6 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057804147.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 618 878 7.8e-80 268.8 Protein kinase domain
XP_057804147.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 619 884 3.4e-90 302.6 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057804148.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 13 233 1.7e-32 113.5 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057804148.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 14 227 6.6e-26 92.0 Protein kinase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057948163.1
AATTCGGAAACAGAAAAGTGCGTCAACTGCAATTTTCCATTTTCTTTGTCTTTTCTGGTTTAATATTCCAAATTTCAACTTCCATGAATGAGTGAAGGAAGATAATCAAAGAGCAACACCACTTGAAGCATGAACAATCTGCATGCTGCTGCAATTTTGGCGCTGTTTTTCTTCTACTCCTTATTCTTCTTCATTTTCAGCTCAGCCTCAGCCGCCACTGACGATATCTCAGTTAGCTGCGGATCAAGCGGCGCTTCCAC...
XM_057948164.1
AATTCTTCGCCTTCACTTCAATCCGGCGTCGTATAGGGGCTTCGAAAGTTCTAACGACTTATTCGAAGTTGAAGCTGGTGGCTTCACCCTGCTCGGAAATTTCAGTGCTTCTCTTACTGCTGATGCTCTAGGATTCTGTTTCGTCGTCCGGTGATGCAAACGGTGTCTTTGGGATGTGGGAGATGGCTTCTAGGAGGAAAGAAACCAAGGTGAAGAGTGTTGAGTGGAGGACATTAGTGGATGTGGGATTTAGGTACTTG...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131019587
ATGAACAATCTGCATGCTGCTGCAATTTTGGCGCTGTTTTTCTTCTACTCCTTATTCTTCTTCATTTTCAGCTCAGCCTCAGCCGCCACTGACGATATCTCAGTTAGCTGCGGATCAAGCGGCGCTTCCACAGCTGCCGGCGGCAACGCATGGCGCGGGGACGTACCGCCAGATCTGTGGCCGCCGCTACAATTGCATGGCGCAGCGACCGTGATCCGCAGCTCAATCGGCGGTAATGATTATCCAGTTCCTTACCGAAC...
LOC131019587
ATGTGGGAGATGGCTTCTAGGAGGAAAGAAACCAAGGTGAAGAGTGTTGAGTGGAGGACATTAGTGGATGTGGGATTTAGGTACTTGGTTAGGCTCCATTTCTCTGAGCTAGGGCTCGAGATGGCAGAGATGAGAGGTGTTGCTTTCAAGATCAACATTAATGGTGTCATTGTTGATGCTGATATTGAGAGCAGAGAAGGGGATTGTGAAGATGCCATCCCTTGGTATAGGGACTATATGGTGATGATCAAAGGGCTCAA...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057804146.1
MNNLHAAAILALFFFYSLFFFIFSSASAATDDISVSCGSSGASTAAGGNAWRGDVPPDLWPPLQLHGAATVIRSSIGGNDYPVPYRTARLSRSRFSYAFNVTPGQKILRLHFNPASYRGFESSNDLFEVEAGGFTLLGNFSASLTADALGLPYFFKEFCISIDEHQLFRITFYAENSQFLDTYAFINGIEIISVPASLSYFHGRYVGVEEVGKSVINVDNSSVLEIIRRVNLKQDSVSSSGDANGVFGMWEMASRRKETK...
XP_057804147.1
MWEMASRRKETKVKSVEWRTLVDVGFRYLVRLHFSELGLEMAEMRGVAFKININGVIVDADIESREGDCEDAIPWYRDYMVMIKGLKRDGKREIIICLQSNGKFIDGHGLLEGFEVLRLSNFDNSLASPNPLPSSSSSPNWIIQSFGHRNMMATFVITLLAFVNTIVHILSLIWEGRSREEKNMPSVRAGRLCRRFSLAEIQLATKNFSDAHLIGRGGFGKVYRGLIDNGQVTVAIKRLRSNSNQGQREFLTEIETLTEL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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