Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001703

染色体: Chr04 坐标: 28169817-28170251 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001703
名称SmilChr04G001703
描述uncharacterized SmilChr04G001703
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向28169817 - 28170251 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131023232
GeneID131023232
locus_tag-
NCBI NameLOC131023232
原始查询SmilChr04G001703

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131023232

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057808755.1
2 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057808755.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057808755.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057808755.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057808755.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:28169837 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 24 A18,A3,A7,A8,B104,B112,B131,B136,B35,B52,B58,B63,B66,B83,B84,C2,C30,C32,C49,C53,C55,C57,C59,C68
Chr4:28169851 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B41
Chr4:28169872 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 6 A19,B115,B35,B53,C42,C84
Chr4:28169884 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr4:28169907 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C16,C62,D3
Chr4:28169918 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B52,C50
Chr4:28169950 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B47
Chr4:28169975 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 125 A1,A13,A15,A16,A19,A20,A24,A25,A6,A8,B1,B10,B100,B104,B105,B108,B109,B11,B115,B118,B119,B12,B122,B123,B124,B126,B127,B129,B133,B135,B136,B137,B139,B14,B140,B16,B2,B20,B22,B23,B24,B25,B26,B27,B3,B32,B33,B37,B4,B41,B42,B43,B44,B46,B48,B49,B50,B51,B6,B60,B62,B63,B64,B65,B66,B74,B78,B79,B8,B81,B84,B86,B89,B90,B91,B92,B94,B98,C1,C10,C14,C16,C18,C21,C22,C25,C26,C27,C29,C31,C34,C36,C37,C39,C4,C42,C44,C54,C58,C59,C6,C60,C62,C63,C64,C66,C7,C70,C73,C75,C76,C78,C79,C8,C80,C82,C83,C84,C85,C9,D11,D2,D3,D7,D8
Chr4:28170071 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 16 A1,A15,A19,B106,B115,B138,B140,B35,B53,B9,C42,C47,C56,C80,C84,C86
Chr4:28170083 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82
Chr4:28170164 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 2 B63,C53
Chr4:28170164 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B63,C53

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952772.1
ATGAAGAGTCGTTATCTGGATGTTTTTGGAAGCCCTCGTACAGCTAGGTTAGCTTCTTCGATTTGGGGAGGGATCAAAGAGTTGGTTCCTGATCTTATAGACGATTCTTATTGTTTGCTTGGGAACGGATCTTCAATTTATTTTTGGAATGATGATTGGCTTGGTTACTCGATTGCTGATAAAGTTAATATTCCTGGTTTCATTCGCTCTAGGCTTAATCAGAAATTCTCTGATTATCTTTATGATGGAGTGTGGCATTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131023232
ATGAAGAGTCGTTATCTGGATGTTTTTGGAAGCCCTCGTACAGCTAGGTTAGCTTCTTCGATTTGGGGAGGGATCAAAGAGTTGGTTCCTGATCTTATAGACGATTCTTATTGTTTGCTTGGGAACGGATCTTCAATTTATTTTTGGAATGATGATTGGCTTGGTTACTCGATTGCTGATAAAGTTAATATTCCTGGTTTCATTCGCTCTAGGCTTAATCAGAAATTCTCTGATTATCTTTATGATGGAGTGTGGCATTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057808755.1
MKSRYLDVFGSPRTARLASSIWGGIKELVPDLIDDSYCLLGNGSSIYFWNDDWLGYSIADKVNIPGFIRSRLNQKFSDYLYDGVWHFASNFVENFPMIVCDIILLPIGSEDDIRLWKPFVHGDVTSALAFASRSHRFPRVSWGL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器