Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G001710`

染色体: Chr04 坐标: 28261211-28264070 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G001710`
名称	SmilChr04G001710
描述	BTB/POZ and TAZ domain-containing protein 1-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	28261211 - 28264070 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131019596`
GeneID	`131019596`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131019596`
原始查询	`SmilChr04G001710`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	BTB/POZ and TAZ domain-containing protein 1-like
产物	BTB/POZ and TAZ domain-containing protein 1-like
Arabidopsis	`AT5G63160` (BT1) BTB and TAZ domain protein 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836437] identity=59.7; qcov=0.88; evalue=4.48e-128; confidence=high
Rice	`Os01g0893400` - identity=43.7; qcov=0.869; evalue=1.13e-88; confidence=medium
GO	GO:0005515 (protein binding); GO:0005634 (nucleus)
KEGG	-
Pfam	PF00651 (BTB); PF02135 (zf-TAZ)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131019596

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057804158.1`
2	Nucleus	细胞核	0.80000	`XP_057804158.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057804158.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057804158.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057804158.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:28261595`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B33
`Chr4:28262515`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr4:28262567`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr4:28262920`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B33
`Chr4:28263436`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C67
`Chr4:28263445`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B44
`Chr4:28263450`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B126,B133,B90,C17
`Chr4:28263760`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C67

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057804158.1

358 aa

179

358

BTB

zf-TAZ

PF00651 BTB 30-128 aa PF02135 zf-TAZ 213-299 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057804158.1`	Pfam	`PF00651`	BTB	Domain	30	128	1.3e-13	51.7	BTB/POZ domain
`XP_057804158.1`	Pfam	`PF02135`	zf-TAZ	Family	213	299	3.7e-10	40.8	TAZ zinc finger

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057948175.1
AAATTAAAGACGCACCCCGACAGCGCGTGGATGCCCATGTAGGCGTAACCGGGTTCGGGTTATCGGGTCAAGGTTTGGAGACGCCTATAAATAGAGGAGCACGCACTACTCATTCTACGTCTACCAATCTCTCCTATATACTTTTCATTTATTGAGAATTAAATACGCAAAAAGCGACCACAAAAATCATTTTATTAATCATGGTACAGCTGAAGAAGAAACTTTCCGGCAAAATGAGACTAAAATATACTCCTCCGTAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131019596
ATGGTACAGCTGAAGAAGAAACTTTCCGGCAAAATGAGACTAAAATATACTCCTCCGTACGCCGGCGCCGGCGATATGCCCGAACCCGACATGTATGTCGTCACCTCTGCCGGTCTGCGAATCCCGGCGCACTCTAAGATTTTGGCATCAGCATCGCCGGTGCTGGAGAGCATAGTAGAGAGGCCAGAGAAAAACCGGAGCAACGAACGGAAAATCACGATTTCCGGCGTACCGTACGACGCCGTTCACGTCTTCCTCCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057804158.1
MVQLKKKLSGKMRLKYTPPYAGAGDMPEPDMYVVTSAGLRIPAHSKILASASPVLESIVERPEKNRSNERKITISGVPYDAVHVFLQFLYFTKCSDEQMEKYGIHLLALSHVYSVQQLKQICTRGLAKRLNVDNVVDVLQLARLCDAPDLYLKCIRLLSKNYKAVEETEAWKFLQDHDPHLELQILQFIDEIELRKKRTRRHRQEQSLFMQLSEAMDCLEHICSEGCTSVGPCDMDPNEHKGPCSKFSTCQGIQLLIKHF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器