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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G001724`

染色体: Chr04 坐标: 28493375-28494745 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G001724`
名称	SmilChr04G001724
描述	uncharacterized SmilChr04G001724
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	28493375 - 28494745 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131023238`
GeneID	`131023238`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131023238`
原始查询	`SmilChr04G001724`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os08g0106900; species=rice; confidence=medium
产物	hit=Os08g0106900; species=rice; confidence=medium
Arabidopsis	`AT5G35695` (AT5G35695) nuclease HARBI1-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833543] identity=57.3; qcov=0.512; evalue=9.12e-67; confidence=medium
Rice	`Os08g0106900` - identity=43.3; qcov=0.856; evalue=7.64e-79; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF01609 (DDE_Tnp_1); PF13359 (DDE_Tnp_4); PF26138 (DUF8040)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131023238

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057808762.1`
2	Chromosome	染色体	0.60000	`XP_057808762.1`
3	Telomere	端粒	0.40000	`XP_057808762.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057808762.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057808762.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:28493377`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A18,C73
`Chr4:28493414`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A18,C73
`Chr4:28493444`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A21
`Chr4:28493448`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B132,B53,C1
`Chr4:28493450`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B60,B77,B78,C25,C45
`Chr4:28493495`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B115,B52,B53,C42,C6
`Chr4:28493496`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A5,B29
`Chr4:28493734`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B52,C42,C50
`Chr4:28493752`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B52,C42,C50
`Chr4:28493782`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C18
`Chr4:28493798`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B15,C77,C82
`Chr4:28493820`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C18

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808762.1

375 aa

188

375

DUF8040

DDE_Tnp_1

DDE_Tnp_4

PF26138 DUF8040 42-101 aa PF01609 DDE_Tnp_1 131-293 aa PF13359 DDE_Tnp_4 137-298 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057808762.1`	Pfam	`PF26138`	DUF8040	Domain	42	101	3.2e-12	46.8	Domain of unknown function (DUF8040)
`XP_057808762.1`	Pfam	`PF01609`	DDE_Tnp_1	Domain	131	293	9.3e-10	39.3	Transposase DDE domain
`XP_057808762.1`	Pfam	`PF13359`	DDE_Tnp_4	Domain	137	298	5.1e-24	85.4	DDE superfamily endonuclease

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057952779.1
ATGAATTATGAAGATAAAATTAACATTGCAATTGAAGAAGACATAGATGAAGAACTTGAGGATGAAATCGAAACAGAGATGGAGATTGAACTTTCTGATCTTGTTAGGCAACTGATGGAAGCAGCTAAGATCATTAAGGAGAAAGCCCATGTGGATGATACACGATACACAACTGTTGAAGAAATGTTGGCAACATTCCTCATCATTGTAGGGCACAACGATCGTTATTGTAACGTTCGTGAAAGGTTTGGTCGTTCGCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131023238
ATGAATTATGAAGATAAAATTAACATTGCAATTGAAGAAGACATAGATGAAGAACTTGAGGATGAAATCGAAACAGAGATGGAGATTGAACTTTCTGATCTTGTTAGGCAACTGATGGAAGCAGCTAAGATCATTAAGGAGAAAGCCCATGTGGATGATACACGATACACAACTGTTGAAGAAATGTTGGCAACATTCCTCATCATTGTAGGGCACAACGATCGTTATTGTAACGTTCGTGAAAGGTTTGGTCGTTCGCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057808762.1
MNYEDKINIAIEEDIDEELEDEIETEMEIELSDLVRQLMEAAKIIKEKAHVDDTRYTTVEEMLATFLIIVGHNDRYCNVRERFGRSHFAASQNFNKILRALNTIAPDMMVKPTGAIPAKIRESTRFYPYFKDYIGAIDGTHIPAMIRGKDVSCYRNRHGVNSQNVLAACNFDLQFIYVLSGWEGSAHDSKILSDALSRPNGFHVAQVKYFLVDCGFANRRQFLAPLRGVRYHLKDFGGDGPHPRNADELFNLRHASLRNV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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