Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G001726`

染色体: Chr04 坐标: 28505175-28509187 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G001726`
名称	SmilChr04G001726
描述	uncharacterized SmilChr04G001726
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	28505175 - 28509187 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131023239`
GeneID	`131023239`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131023239`
原始查询	`SmilChr04G001726`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Ulp1 protease family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834593]; symbol=AT5G45570; hit=AT5G45570; species=arabidopsis; confidence=weak
产物	Ulp1 protease family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834593]; symbol=AT5G45570; hit=AT5G45570; species=arabidopsis; confidence=weak
Arabidopsis	`AT5G45570` (AT5G45570) Ulp1 protease family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834593] identity=27.2; qcov=0.238; evalue=6.35e-09; confidence=weak
Rice	`-` -
GO	GO:0006508 (proteolysis); GO:0008234 (cysteine-type peptidase activity)
KEGG	-
Pfam	PF02902 (Peptidase_C48); PF09331 (DUF1985)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131023239

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057808763.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057808763.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057808763.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057808763.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057808763.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:28505177`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C85
`Chr4:28505199`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B136,C68
`Chr4:28505201`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B27,C57,C60,C82
`Chr4:28505214`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B27,C57
`Chr4:28505973`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	C30
`Chr4:28505973`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C30
`Chr4:28506003`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B13
`Chr4:28507786`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B41
`Chr4:28507801`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C87
`Chr4:28507810`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	3	A10,B24,D6
`Chr4:28507810`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A10,B24,D6
`Chr4:28507993`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B122,C73

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808763.1

975 aa

488

975

DUF1985

Peptidase_C48

PF09331 DUF1985 100-232 aa PF02902 Peptidase_C48 744-959 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057808763.1`	Pfam	`PF09331`	DUF1985	Family	100	232	1.8e-11	44.9	Domain of unknown function (DUF1985)
`XP_057808763.1`	Pfam	`PF02902`	Peptidase_C48	Domain	744	959	3.8e-16	60.3	Ulp1 protease family, C-terminal catalytic domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057952780.1
ATGGGCGACCGCGACCGGAACGACGACGACTCGGTGTCGGCGACAAGCTCCGAAGAGGAGGAGCGTCTCGCACATCTTACTCCTCCGATTAATTGTGATTGGAAAAGGCCTACATTGATCTACGTGACCCGTGGAGTTAATCTTTATATGAGGACCGATATATTGAAGGAGGTCAAGAATGTTTTACTTGATAATGGCAGTCCGTTGGCTCTAAAGAGATTTAAAGAAGGCGTAGTAGGACGGTTGATTGATATCAAGAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131023239
ATGGGCGACCGCGACCGGAACGACGACGACTCGGTGTCGGCGACAAGCTCCGAAGAGGAGGAGCGTCTCGCACATCTTACTCCTCCGATTAATTGTGATTGGAAAAGGCCTACATTGATCTACGTGACCCGTGGAGTTAATCTTTATATGAGGACCGATATATTGAAGGAGGTCAAGAATGTTTTACTTGATAATGGCAGTCCGTTGGCTCTAAAGAGATTTAAAGAAGGCGTAGTAGGACGGTTGATTGATATCAAGAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057808763.1
MGDRDRNDDDSVSATSSEEEERLAHLTPPINCDWKRPTLIYVTRGVNLYMRTDILKEVKNVLLDNGSPLALKRFKEGVVGRLIDIKRNHSASNALHHLLARQLKGSDIPCDESWFQVGGQTIRFRPTEYALVTGLHFGNSDFDPYAKHKPPRNGIFNRFFNGVSTKVHVLRKRFNEKSLGKDVEDYLKAANLLVYYLFLLCRDNPVIEDWAWTLVEDFERWDAFPWGSYTYGALSYYIDTVGIAPDQAEKDYHFYGPVWA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器