Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G001727`

染色体: Chr04 坐标: 28512736-28514463 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G001727`
名称	SmilChr04G001727
描述	protein FAR1-RELATED SEQUENCE 4-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	28512736 - 28514463 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131019607`
GeneID	`131019607`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131019607`
原始查询	`SmilChr04G001727`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein FAR1-RELATED SEQUENCE 4-like
产物	protein FAR1-RELATED SEQUENCE 4-like
Arabidopsis	`AT3G05850` (MUG7) MuDR family transposase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3768859] identity=27.2; qcov=0.89; evalue=1.8e-55; confidence=low
Rice	`Os12g0597300` - identity=30.5; qcov=0.905; evalue=2.36e-59; confidence=low
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG	-
Pfam	PF00872 (Transposase_mut); PF04434 (SWIM); PF10551 (MULE)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131019607

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057804176.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057804176.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057804176.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057804176.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057804176.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:28513422`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	B114
`Chr4:28513422`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B114
`Chr4:28513525`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C52
`Chr4:28513556`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B69
`Chr4:28513564`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B69
`Chr4:28513598`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B11,D6
`Chr4:28513643`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B120,B73,C45,D4
`Chr4:28513689`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B119,C52
`Chr4:28513700`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B114,B65,C32
`Chr4:28513714`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	2	B84,D2
`Chr4:28513714`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B84,D2
`Chr4:28513745`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B114,B65,B84,C32,D2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057804176.1

528 aa

264

528

Transposase_mut

MULE

SWIM

PF00872 Transposase_mut 86-183 aa PF10551 MULE 87-181 aa PF04434 SWIM 331-359 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057804176.1`	Pfam	`PF00872`	Transposase_mut	Family	86	183	7.6e-10	38.9	Transposase, Mutator family
`XP_057804176.1`	Pfam	`PF10551`	MULE	Domain	87	181	3.5e-20	72.9	MULE transposase domain
`XP_057804176.1`	Pfam	`PF04434`	SWIM	Domain	331	359	2.3e-09	37.3	SWIM zinc finger

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057948193.1
TATTATTTTGCCAAAAAATTAATCGATGAGAAGGTTGTTTTGAGGCCAAAGGAGATGATTGCTGAGATGCGTAGTAAGTATGGCGTTCAAATGCTATATTGCTTCGCAGTCAGAACTAGGCAGCAGGCGATAGAGAGAACGTATGGTGACTTCAATATGTCATATGTGAGGCTTCCATCGTATCTTTATCTATTGAAACAACGTAATCCAGGGACTGTTTATGATTTGCAGACGACTCGTGAGGGAGTGTTCTGCCACAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131019607
ATGATTGCTGAGATGCGTAGTAAGTATGGCGTTCAAATGCTATATTGCTTCGCAGTCAGAACTAGGCAGCAGGCGATAGAGAGAACGTATGGTGACTTCAATATGTCATATGTGAGGCTTCCATCGTATCTTTATCTATTGAAACAACGTAATCCAGGGACTGTTTATGATTTGCAGACGACTCGTGAGGGAGTGTTCTGCCACATGTTTGTTGCCCTCGGGCAAAGTATTCGGGCTTTTGAGCAGTATCTTCGACCGGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057804176.1
MIAEMRSKYGVQMLYCFAVRTRQQAIERTYGDFNMSYVRLPSYLYLLKQRNPGTVYDLQTTREGVFCHMFVALGQSIRAFEQYLRPVIVIDGTHLKGKNRGVLFVAVTKDGNDQVFPLAIGLGPIENDESWTYFLYNLRRCYNPPEDLLIVSDQHKSIRNAVQAVYPNAFHGLCYHHLLKNLTPYGKTVVTVFYEAAYSYRHEVFENFFSLLHDASPDGAHRRLSQIGPERWARSKCPVQRYGFMTSNAAESFNSRLWWA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器