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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G001734`

染色体: Chr04 坐标: 28573260-28576710 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G001734`
名称	SmilChr04G001734
描述	TPR repeat-containing thioredoxin TDX
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	28573260 - 28576710 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131019615`
GeneID	`131019615`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131019615`
原始查询	`SmilChr04G001734`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	TPR repeat-containing thioredoxin TDX
产物	TPR repeat-containing thioredoxin TDX
Arabidopsis	`AT3G17880` (TDX) tetraticopeptide domain-containing thioredoxin [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821056] identity=65.3; qcov=1.01; evalue=7.79e-179; confidence=high
Rice	`Os09g0401200` (TRXH3) - identity=66; qcov=0.81; evalue=1.62e-145; confidence=high
GO	GO:0030544 (Hsp70 protein binding); GO:0046983 (protein dimerization activity); GO:0051085 (GO:0051085)
KEGG	-
Pfam	PF00085 (Thioredoxin); PF13098 (Thioredoxin_2); PF13181 (TPR_8); PF18253 (HipN)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131019615

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057804188.1`
2	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057804188.1`
3	Nucleus	细胞核	0.40000	`XP_057804188.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057804188.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057804188.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:28573435`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A21
`Chr4:28573447`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B52,C50
`Chr4:28573477`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr4:28573495`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B41
`Chr4:28574355`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C35
`Chr4:28574636`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C67
`Chr4:28575187`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B88
`Chr4:28575428`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B52,C50
`Chr4:28576355`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C66

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057804188.1

378 aa

189

378

HipN

TPR_8

Thioredoxin_2

Thioredoxin

PF18253 HipN 2-43 aa PF13181 TPR_8 152-182 aa PF13098 Thioredoxin_2 283-366 aa PF00085 Thioredoxin 291-375 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057804188.1`	Pfam	`PF18253`	HipN	Domain	2	43	3.9e-19	68.8	Hsp70-interacting protein N N-terminal domain
`XP_057804188.1`	Pfam	`PF13181`	TPR_8	Repeat	152	182	2.4e-06	27.9	Tetratricopeptide repeat
`XP_057804188.1`	Pfam	`PF13098`	Thioredoxin_2	Domain	283	366	2.2e-07	31.9	Thioredoxin-like domain
`XP_057804188.1`	Pfam	`PF00085`	Thioredoxin	Domain	291	375	5.8e-24	84.8	Thioredoxin

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057948205.1
GCGAATACTTCTAGAACTGGAGCATTTATTCTAGTTCTACAATTTAAACATTTTGAACAAGAAAAAGATGCTCATAGAATAGACTCATAGTAAACGCAAACAATCAGAGGGGGAAAGAAAATGGACGCGGAAAAGGTTGAAGGATTGAAGGGTTTTGTGGAGTATTGCAAACAAAACCCATCTGTGTTGCACTCTCCATCTCTTGCATTTTTCAAGAATTTTCTGCAAAGTCTGGGAGCTCGAATTCCGGCTTTTGGAGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131019615
ATGGACGCGGAAAAGGTTGAAGGATTGAAGGGTTTTGTGGAGTATTGCAAACAAAACCCATCTGTGTTGCACTCTCCATCTCTTGCATTTTTCAAGAATTTTCTGCAAAGTCTGGGAGCTCGAATTCCGGCTTTTGGAGAATCGGGCAAAGATGGCGAGGATCATGAAGATACAAAGCCATTTGAATCTAGGAAGCCCGACGTATCAATGGATGATATCTCAAATGACGACATTGTTGAATCTGATGTTGAGTTGGATAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057804188.1
MDAEKVEGLKGFVEYCKQNPSVLHSPSLAFFKNFLQSLGARIPAFGESGKDGEDHEDTKPFESRKPDVSMDDISNDDIVESDVELDNSDAVEPDNDPPQKMGDPSAEVTEENQEAAQLSKAKAMEAIADGKFSEAIDYLTEAILLNPKSAILYGNRASIFIKLKKPNAAIRDADAALQINPDSAKGYKARGMARAMLGSWDEAARDLHVAAKLDFDEEIGLVLKKVEPNAKKIEEHNRKYERLRKEKELRRIELERKRRQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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