当前解析结果
SmilChr04G001740| 统一新 Gene ID | SmilChr04G001740 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G001740 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr04G001740 |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 28643947 - 28649191 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131023240 |
|---|---|
| GeneID | 131023240 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131023240 |
| 原始查询 | SmilChr04G001740 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os03g0343300; species=rice; confidence=high |
| 产物 | hit=Os03g0343300; species=rice; confidence=high |
| Arabidopsis | AT4G02400 (AT4G02400)U3 ribonucleoprotein (Utp) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828039] identity=49.6; qcov=0.583; evalue=9.55e-143; confidence=medium |
| Rice | Os03g0343300- identity=47.7; qcov=0.944; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0005730 (nucleolus); GO:0006364 (rRNA processing); GO:0032040 (small-subunit processome) |
| KEGG | smil03008 (Ribosome biogenesis in eukaryotes - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF04615 (Utp14) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131023240 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057808764.1 |
| 2 | Nucleolus | 核仁 | 1.00000 | XP_057808764.1 |
| 3 | Nucleolus rim | Nucleolus rim | 0.20000 | XP_057808764.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057808764.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057808764.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:28644197 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr4:28644235 |
CAT |
C |
2bp_deletion | frameshift_variant | 2 | C23,C57 |
Chr4:28644235 |
CAT |
C |
2bp_deletion | CDS_variant | 2 | C23,C57 |
Chr4:28644381 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A18,B131,C73 |
Chr4:28644412 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A18,B131,B50,C73,C82 |
Chr4:28645040 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr4:28646076 |
GA |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 95 | A16,A18,A19,A22,A24,A25,A3,A4,A5,A9,B101,B112,B114,B118,B120,B121,B122,B128,B129,B130,B131,B132,B135,B136,B137,B140,B16,B2,B23,B26,B29,B3,B31,B34,B35,B41,B46,B47,B48,B54,B55,B61,B62,B67,B70,B72,B76,B78,B80,B81,B82,B86,B9,B95,B99,C1,C11,C14,C15,C16,C17,C18,C19,C21,C23,C25,C29,C30,C31,C32,C35,C39,C40,C41,C43,C45,C48,C5,C54,C58,C59,C65,C68,C69,C73,C74,C75,C76,C77,C78,C85,C9,D1,D10,D3 |
Chr4:28646112 |
AG |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 58 | A11,A2,A23,A8,B107,B113,B117,B119,B123,B127,B132,B134,B2,B20,B25,B28,B30,B33,B4,B45,B49,B51,B56,B59,B6,B63,B65,B66,B68,B69,B71,B77,B79,B8,B89,B91,B93,B96,C10,C11,C34,C37,C4,C46,C53,C60,C62,C67,C69,C7,C76,C79,C8,C82,C83,C84,C87,D11 |
Chr4:28646377 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B52,C50 |
Chr4:28646427 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A18,B131,C73 |
Chr4:28646457 |
TC |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 17 | A8,B113,B132,B2,B20,B33,B4,B49,B56,B68,B79,B89,B96,C11,C60,C69,C76 |
Chr4:28646479 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C57 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057808764.1PF04615
Utp14 147-916 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057808764.1 |
Pfam | PF04615 |
Utp14 | Family | 147 | 916 | 5.6e-173 | 578.1 | Utp14 protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。