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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001744

染色体: Chr04 坐标: 28729219-28736216 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001744
名称SmilChr04G001744
描述uncharacterized SmilChr04G001744
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向28729219 - 28736216 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131019622
GeneID131019622
locus_tag-
NCBI NameLOC131019622
原始查询SmilChr04G001744

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843681]; symbol=AT1G73460; hit=AT1G73460; species=arabidopsis; confidence=high
产物Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843681]; symbol=AT1G73460; hit=AT1G73460; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT1G73460 (AT1G73460)
Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843681]
identity=60.5; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0719500
-
identity=70.8; qcov=0.578; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0004674 (protein serine/threonine kinase activity); GO:0004713 (protein tyrosine kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0018105 (peptidyl-serine phosphorylation); GO:0018107 (peptidyl-threonine phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131019622

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057804196.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057804196.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057804196.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057804196.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057804196.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:28730147 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C71
Chr4:28730354 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B80
Chr4:28730415 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B13,B52,C1
Chr4:28730425 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C30,C49
Chr4:28730447 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C30,C49
Chr4:28730620 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B49,D11
Chr4:28731810 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B125,B90,B92,C87
Chr4:28732082 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B81
Chr4:28732975 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B79,B83
Chr4:28732979 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B140,B67
Chr4:28733094 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B104,B63,C13,D11
Chr4:28734607 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 1 C49

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057804196.1
1193 aa
N
1
596
1193
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 882-1184 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 884-1088 aa
XP_057804197.1
1193 aa
N
1
596
1193
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 882-1184 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 884-1088 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057804196.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 882 1184 1.5e-50 172.7 Protein kinase domain
XP_057804196.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 884 1088 2.6e-17 63.7 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057804197.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 882 1184 1.5e-50 172.7 Protein kinase domain
XP_057804197.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 884 1088 2.6e-17 63.7 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XR_009100355.1
CCCCTCAAAAGTTTAAAAAAGTTCAAACTCAATTATGATTTTTTTATTCGTATTAACATATTCTTCGTAGTATTGCTTACACAGAAAAGTGAAGAAGTGTTTCAAAATTTGTTTACTCAGATTTCTTAATAAGTTTGGGCGATGGATTCAATAACTCCGTTTTTGGCTTCTCGAATAGCATCTCGTCGATCTGTTTAGGTTAGTGGTGTTTCCAGTACTTGGATTGGATTGCTCGAAGTGTTTCGAATGGCTGATTCGGG...
XM_057948213.1
TTTAAAAAAGTTCAAACTCAATTATGATTTTTTTATTCGTATTAACATATTCTTCGTAGTATTGCTTACACAGAAAAGTGAAGAAGTGTTTCAAAATTTGTTTACTCAGATTTCTTAATAAGTTTGGGCGATGGATTCAATAACTCCGTTTTTGGCTTCTCGAATAGCATCTCGTCGATCTGTTTAGGTTAGTGGTGTTTCCAGTACTTGGATTGGATTGCTCGAAGTGTTTCGAATGGCTGATTCGGGTTCTGTAGATG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131019622
ATGGCTGATTCGGGTTCTGTAGATGTTATATTGGAGTTTCTGAAAAGGAACAAATTTACCAAGGCAGAGGCTGCATTGCGGAGTGAATTGGGTAACAGACCTGACTTGAATGGGATTCTTCAAAAGCTTATTCTTGACGATAAGGAGTCAGGTAGATCAGGCAAAGAATTAAATGGGGGTGTTTCTGGAGAAGAAGATAAAAACACGAAAAGTACTGGACATGGTGGGGAAACTCTTAAGGGTTCATTTACATCGAGTAT...
LOC131019622
ATGGCTGATTCGGGTTCTGTAGATGTTATATTGGAGTTTCTGAAAAGGAACAAATTTACCAAGGCAGAGGCTGCATTGCGGAGTGAATTGGGTAACAGACCTGACTTGAATGGGATTCTTCAAAAGCTTATTCTTGACGATAAGGAGTCAGGTAGATCAGGCAAAGAATTAAATGGGGGTGTTTCTGGAGAAGAAGATAAAAACACGAAAAGTACTGGACATGGTGGGGAAACTCTTAAGGGTTCATTTACATCGAGTAT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057804196.1
MADSGSVDVILEFLKRNKFTKAEAALRSELGNRPDLNGILQKLILDDKESGRSGKELNGGVSGEEDKNTKSTGHGGETLKGSFTSSIVEASKELIVKEVDSGTGRNGSDNKWKNAGTIGKQGKLGENIVPSDKNFAFSNGLDDTVLDLYSWKYGTSNGPVTPYQNDGGSADENNFLGFQVPGKAKTNSTETLESGQVHRKSGDDASVSGEKRITWPVSVSSVSTDLTYEKKSDRKEVVDQQKMPSITCSKDDLVDNLWSR...
XP_057804197.1
MADSGSVDVILEFLKRNKFTKAEAALRSELGNRPDLNGILQKLILDDKESGRSGKELNGGVSGEEDKNTKSTGHGGETLKGSFTSSIVEASKELIVKEVDSGTGRNGSDNKWKNAGTIGKQGKLGENIVPSDKNFAFSNGLDDTVLDLYSWKYGTSNGPVTPYQNDGGSADENNFLGFQVPGKAKTNSTETLESGQVHRKSGDDASVSGEKRITWPVSVSSVSTDLTYEKKSDRKEVVDQQKMPSITCSKDDLVDNLWSR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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