当前解析结果
SmilChr04G001763| 统一新 Gene ID | SmilChr04G001763 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G001763 |
| 描述 | protein argonaute 4B-like |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 28991258 - 28992659 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131023246 |
|---|---|
| GeneID | 131023246 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131023246 |
| 原始查询 | SmilChr04G001763 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein argonaute 4B-like |
| 产物 | protein argonaute 4B-like |
| Arabidopsis | AT2G27040 (AGO4)Argonaute family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817246] identity=43.1; qcov=0.894; evalue=6.17e-78; confidence=medium |
| Rice | Os04g0151800 (OsAGO4b)- identity=43.6; qcov=0.947; evalue=8.82e-79; confidence=medium |
| GO | GO:0005515 (protein binding); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0035194 (regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF08699 (ArgoL1); PF16486 (ArgoN) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131023246 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057808769.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.60000 | XP_057808769.1 |
| 3 | Nucleoplasm | 核质 | 0.20000 | XP_057808769.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057808769.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057808769.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:28991635 |
TGG |
T |
2bp_deletion | frameshift_variant | 4 | B125,B39,C13,C41 |
Chr4:28991635 |
TGG |
T |
2bp_deletion | CDS_variant | 4 | B125,B39,C13,C41 |
Chr4:28991640 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B125,B39,C13,C41 |
Chr4:28991768 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B105,B112,B18,B47,C9 |
Chr4:28992168 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B41,C28,C38,C67 |
Chr4:28992198 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D6 |
Chr4:28992228 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A5,B125,B85,B90 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057808769.1PF16486
ArgoN 55-195 aa
PF08699
ArgoL1 216-264 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057808769.1 |
Pfam | PF16486 |
ArgoN | Domain | 55 | 195 | 1.2e-18 | 68.6 | N-terminal domain of argonaute |
XP_057808769.1 |
Pfam | PF08699 |
ArgoL1 | Domain | 216 | 264 | 2.5e-14 | 53.4 | Argonaute linker 1 domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。