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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001777

染色体: Chr04 坐标: 29195041-29196009 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001777
名称SmilChr04G001777
描述receptor-like protein kinase ANXUR1
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向29195041 - 29196009 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131023252
GeneID131023252
locus_tag-
NCBI NameLOC131023252
原始查询SmilChr04G001777

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor-like protein kinase ANXUR1
产物receptor-like protein kinase ANXUR1
ArabidopsisAT3G04690 (ANX1)
Malectin/receptor-like protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819627]
identity=52.9; qcov=0.91; evalue=1.46e-99; confidence=high
RiceOs01g0769700 (DRUS2)
-
identity=54; qcov=0.938; evalue=1.93e-103; confidence=high
GOGO:0004714 (transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0009506 (plasmodesma); GO:0046777 (protein autophosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131023252

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057808777.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057808777.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057808777.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057808777.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057808777.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:29195041 TTA T 2bp_deletion frameshift_variant 11 A13,B104,B63,B66,B80,C10,C53,C7,C79,C82,C84
Chr4:29195042 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 76 A11,A16,A2,A21,A3,A8,A9,B100,B105,B107,B111,B112,B117,B118,B119,B12,B122,B127,B13,B18,B2,B21,B23,B28,B30,B4,B42,B43,B45,B54,B55,B56,B6,B60,B64,B69,B71,B72,B76,B78,B8,B86,B93,B96,B98,B99,C11,C16,C18,C19,C2,C20,C25,C29,C30,C31,C34,C37,C39,C43,C45,C46,C5,C62,C67,C69,C72,C74,C80,C87,C9,D10,D11,D3,D6,D8
Chr4:29195052 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B98,C80
Chr4:29195092 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr4:29195124 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B128
Chr4:29195124 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B128
Chr4:29195208 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B25,B40,C30,C49
Chr4:29195308 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 13 B113,B132,B15,B2,B64,B89,B96,C11,C26,C49,C60,C69,C75
Chr4:29195906 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B128
Chr4:29195908 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C58
Chr4:29195988 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B108,B46,B64
Chr4:29196005 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B12,B55,C69

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808777.1
322 aa
N
1
161
322
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 27-286 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 31-288 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057808777.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 27 286 1.8e-47 162.7 Protein kinase domain
XP_057808777.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 31 288 7.7e-51 173.6 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952794.1
ATGACATCAACAAAAACTTACGAACAATTTGGGCGGCAATTCTCACTGGCTGAGATCCGGTCAGCCACAGGAGATTTCAACGACGCGCATCTCATCGGAAGGGGTGGATTTGGCAGCGTGTACAAAGGCCTTCTCGATGGGCGAGTGGCCGTGGCCATAAAGCGGCTAGCAGCAAAGTCTAACCAAGGCGAGCGAGAGTTTTTGACGGAGATTGAAACCCTCACAAAGCTCCGACATCGCAATCTAGTCTCTCTAATCGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131023252
ATGACATCAACAAAAACTTACGAACAATTTGGGCGGCAATTCTCACTGGCTGAGATCCGGTCAGCCACAGGAGATTTCAACGACGCGCATCTCATCGGAAGGGGTGGATTTGGCAGCGTGTACAAAGGCCTTCTCGATGGGCGAGTGGCCGTGGCCATAAAGCGGCTAGCAGCAAAGTCTAACCAAGGCGAGCGAGAGTTTTTGACGGAGATTGAAACCCTCACAAAGCTCCGACATCGCAATCTAGTCTCTCTAATCGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057808777.1
MTSTKTYEQFGRQFSLAEIRSATGDFNDAHLIGRGGFGSVYKGLLDGRVAVAIKRLAAKSNQGEREFLTEIETLTKLRHRNLVSLIGYCSEQGEMLLLYDYMANGTLADYRSSLTWEQRLYICIGAARGLDYLHNGSSIVHRDVKSTNILLDEDFVARVSDFGLAKQLGPGASSHVSASVKGSFGYFDPSYFTTGRLTRKSDVYAFGVVLLEVLSGRAAVDHSLAEDELCLTMWAHEKISKGKAEQIVASNLRSEISQDC...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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