Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G001782`

染色体: Chr04 坐标: 29234941-29236224 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G001782`
名称	SmilChr04G001782
描述	peptide methionine sulfoxide reductase-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	29234941 - 29236224 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131019657`
GeneID	`131019657`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131019657`
原始查询	`SmilChr04G001782`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	peptide methionine sulfoxide reductase-like
产物	peptide methionine sulfoxide reductase-like
Arabidopsis	`AT5G61640` (PMSR1) peptidemethionine sulfoxide reductase 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836286] identity=67.8; qcov=0.932; evalue=3.97e-91; confidence=high
Rice	`Os04g0482000` (OsMSRA2.1) - identity=68.7; qcov=0.974; evalue=2.13e-93; confidence=high
GO	GO:0008113 (peptide-methionine (S)-S-oxide reductase activity)
KEGG	-
Pfam	PF01625 (PMSR)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131019657

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057804228.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057804228.1`
3	Nucleus	细胞核	0.20000	`XP_057804228.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057804228.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057804228.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:29235206`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B52,C50
`Chr4:29235921`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B54
`Chr4:29236008`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A3,B111,B126,B60,C20
`Chr4:29236022`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B85
`Chr4:29236022`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B85
`Chr4:29236032`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C37

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057804228.1

190 aa

190

PMSR

PF01625 PMSR 26-170 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057804228.1`	Pfam	`PF01625`	PMSR	Domain	26	170	2.6e-60	204.1	Peptide methionine sulfoxide reductase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057948245.1
GTCATAAAATACGGCCAAATTCACAATTCTCCCACTTGTAATGAAAACCACTAAATTTGCTTGATTTAGATCAATTTAAAACTGATGGGTGAAATTCCTCCCTAATCAAAATTGAAGCTCTCAACCATAACAATGGCGTCGAAAGAGTCAAGCAACCCGGCGCTCGAACCGGATACGGAGAGCCCAGCGGATCCGGGTCTGGAGTTGGCCCAGTTTGCCGCCGGTTGCTTCTGGGGGGTAGAATTGAGCTTTCAGAGAGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131019657
ATGGCGTCGAAAGAGTCAAGCAACCCGGCGCTCGAACCGGATACGGAGAGCCCAGCGGATCCGGGTCTGGAGTTGGCCCAGTTTGCCGCCGGTTGCTTCTGGGGGGTAGAATTGAGCTTTCAGAGAGTGGAAGGCGTCGTCAAGACTGAAGTGGGCTACTCGCAAGGCCACGTCCACGACCCCAATTACGAACTGGTTTGCACCGGATCCACCAACCACGCCGAAGTCGTTCGCCTCCATTTCGACCCCAATGTTTGCCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057804228.1
MASKESSNPALEPDTESPADPGLELAQFAAGCFWGVELSFQRVEGVVKTEVGYSQGHVHDPNYELVCTGSTNHAEVVRLHFDPNVCPYTTLLHVFWAKHDPTSLNRQGNDVGTQYRSGIYYYNETQAKLAQESLEAKQKEVKKKIVTEVVGAKRFYRAEEYHQQYLEKGGRNGAGQSAAKGCNDPIRCYG

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器