Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G001805`

染色体: Chr04 坐标: 29537907-29540486 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G001805`
名称	SmilChr04G001805
描述	putative late blight resistance protein homolog R1A-10
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	29537907 - 29540486 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131023258`
GeneID	`131023258`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131023258`
原始查询	`SmilChr04G001805`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	putative late blight resistance protein homolog R1A-10
产物	putative late blight resistance protein homolog R1A-10
Arabidopsis	`AT3G46530` (RPP13) NB-ARC domain-containing disease resistance protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823806] identity=31.6; qcov=0.76; evalue=2.03e-63; confidence=low
Rice	`Os08g0424700` (P0456B03.103) - identity=29.1; qcov=0.857; evalue=6.32e-65; confidence=low
GO	GO:0043531 (ADP binding); GO:0098542 (defense response to other organism)
KEGG	-
Pfam	PF00931 (NB-ARC); PF23559 (WHD_DRP); PF23598 (LRR_14)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131023258

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	0.80000	`XP_057808784.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057808784.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057808784.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057808784.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057808784.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:29538001`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B17,C2,C45
`Chr4:29538201`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C30
`Chr4:29538201`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C30
`Chr4:29538365`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B7
`Chr4:29538445`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B41
`Chr4:29538537`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B64
`Chr4:29538663`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B17,C2,C45
`Chr4:29538677`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B22
`Chr4:29538756`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B59,B86
`Chr4:29538806`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C76
`Chr4:29538806`	`GA`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C76
`Chr4:29538872`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B117,C30,C49

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808784.1

859 aa

430

859

NB-ARC

WHD_DRP

LRR_14

PF00931 NB-ARC 142-314 aa PF23559 WHD_DRP 395-466 aa PF23598 LRR_14 520-841 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057808784.1`	Pfam	`PF00931`	NB-ARC	Domain	142	314	8.5e-37	127.1	NB-ARC domain
`XP_057808784.1`	Pfam	`PF23559`	WHD_DRP	Domain	395	466	3.9e-14	53.2	Disease resistance protein Winged helix domain
`XP_057808784.1`	Pfam	`PF23598`	LRR_14	Repeat	520	841	1.7e-19	70.5	Leucine-rich repeat region

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057952801.1
ATGGCCTACGCTGCCGTGGTTTCTCTTCTGAATATTCTGGATGAGCTCCAACATCCGGATCCACTTCAAAGCATCCCATATCCTAGGGCACAAGTCCAACTCCTCCATGAGAAGCTCAGCTACTTGCAACAATTTCTCGAAATGACTTTCTCTGGCGGAGATCTGGAAGTCAACATCAGAGAGGCCATGTACGAAGCCGAAGACGTCTTCGATTCCAATCTCTCCAATTTCGTCCTTTCCTCCGAAAGCGCAGGCTGGGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131023258
ATGGCCTACGCTGCCGTGGTTTCTCTTCTGAATATTCTGGATGAGCTCCAACATCCGGATCCACTTCAAAGCATCCCATATCCTAGGGCACAAGTCCAACTCCTCCATGAGAAGCTCAGCTACTTGCAACAATTTCTCGAAATGACTTTCTCTGGCGGAGATCTGGAAGTCAACATCAGAGAGGCCATGTACGAAGCCGAAGACGTCTTCGATTCCAATCTCTCCAATTTCGTCCTTTCCTCCGAAAGCGCAGGCTGGGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057808784.1
MAYAAVVSLLNILDELQHPDPLQSIPYPRAQVQLLHEKLSYLQQFLEMTFSGGDLEVNIREAMYEAEDVFDSNLSNFVLSSESAGWAEENYMSSFCDALEGVISAVNSIVEMAEKISPNVSDRPLSSIPEVSRRNNLIVGREADLNHLTDRLMAGSDALQTVPILGISGIGKTHLARIVYEDPDIVSKFRLRAWVKISQEYSKKEVLLSLLHSLRKLGSGKGQERTEDELAKLLFRILRSGNYLIVLDDVCNPEAWDNLE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器