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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001815

染色体: Chr04 坐标: 29645825-29649899 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001815
名称SmilChr04G001815
描述probable serine/threonine-protein kinase WNK3
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向29645825 - 29649899 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131019684
GeneID131019684
locus_tag-
NCBI NameLOC131019684
原始查询SmilChr04G001815

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable serine/threonine-protein kinase WNK3
产物probable serine/threonine-protein kinase WNK3
ArabidopsisAT3G48260 (WNK3)
with no lysine (K) kinase 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823984]
identity=70.1; qcov=0.911; evalue=1.36e-176; confidence=high
RiceOs05g0108300 (OsWNK2)
-
identity=67.9; qcov=0.971; evalue=2.46e-177; confidence=high
GOGO:0004674 (protein serine/threonine kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006468 (protein phosphorylation); GO:0035556 (intracellular signal transduction)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF12202 (OSR1_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131019684

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057804256.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057804257.1
3 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057804257.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057804256.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057804256.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:29646746 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B5,C83
Chr4:29647275 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B93
Chr4:29647423 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B138
Chr4:29648319 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B34,B88,C7,C76,D1
Chr4:29648334 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C60
Chr4:29648370 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B104,B13,C44,C82,C85
Chr4:29648557 T TTA 2bp_insertion frameshift_variant 1 B129
Chr4:29648557 T TTA 2bp_insertion CDS_variant 1 B129
Chr4:29649065 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B73,C81
Chr4:29649207 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B121,B81
Chr4:29649216 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A20,C54
Chr4:29649227 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B76

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057804256.1
622 aa
N
1
311
622
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
OSR1_C
C
PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 33-282 aa PF00069 Pkinase 34-288 aa PF12202 OSR1_C 343-397 aa
XP_057804257.1
382 aa
N
1
191
382
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
C
PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 33-282 aa PF00069 Pkinase 34-288 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057804256.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 33 282 3.5e-35 122.3 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057804256.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 34 288 2.2e-50 172.2 Protein kinase domain
XP_057804256.1 Pfam PF12202 OSR1_C Domain 343 397 8.7e-07 29.7 Oxidative-stress-responsive kinase 1 C-terminal domain
XP_057804257.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 33 282 1.1e-35 123.9 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057804257.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 34 288 7.9e-51 173.7 Protein kinase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057948274.1
GAAAAGAATAACTTTGAACAAGAAATAAAAAAAATATATAAAAATAAAAATAAATAAAGGAGAGGAAACAGACTCCAGCTCAAACCAGTTATTAAGCTGACTCTCCGACCGATCCCAAAAACATTATAATCTTGCGACGTCAGGAACGGCGAACGTTTGTATAATCTGTGGAATCTTCTCATTTTTTCGATTCCAATTCTCATCAATTCGATATTCATAGCTGATACGATAATATTGCTATAATTCTTTTCTTTTTTGAA...
XM_057948273.1
GAAAAGAATAACTTTGAACAAGAAATAAAAAAAATATATAAAAATAAAAATAAATAAAGGAGAGGAAACAGACTCCAGCTCAAACCAGTTATTAAGCTGACTCTCCGACCGATCCCAAAAACATTATAATCTTGCGACGTCAGGAACGGCGAACGTTTGTATAATCTGTGGAATCTTCTCATTTTTTCGATTCCAATTCTCATCAATTCGATATTCATAGCTGATACGATAATATTGCTATAATTCTTTTCTTTTTTGAA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131019684
ATGCTACAAGATTCGGCGTCGGAGGCTGACCCGGACGAAGGTGACACCGAACCAGAATTCGTTGAGGTTGATCCATCCGGTCGCTACGGTCGGTACAGGGAGGTACTTGGCAAAGGAGCTTTCAAAAAAGTTTATAAAGCATTTGATGAATTGGAAGGAATCGAGGTGGCTTGGAATCAGGTTAAAGTCTCTGATCTCTTGCGGAACTCGGTGGATTTGGAGCGGTTGTATTCTGAAGTGCACTTGCTTAAGACCCTTAA...
LOC131019684
ATGCTACAAGATTCGGCGTCGGAGGCTGACCCGGACGAAGGTGACACCGAACCAGAATTCGTTGAGGTTGATCCATCCGGTCGCTACGGTCGGTACAGGGAGGTACTTGGCAAAGGAGCTTTCAAAAAAGTTTATAAAGCATTTGATGAATTGGAAGGAATCGAGGTGGCTTGGAATCAGGTTAAAGTCTCTGATCTCTTGCGGAACTCGGTGGATTTGGAGCGGTTGTATTCTGAAGTGCACTTGCTTAAGACCCTTAA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057804256.1
MLQDSASEADPDEGDTEPEFVEVDPSGRYGRYREVLGKGAFKKVYKAFDELEGIEVAWNQVKVSDLLRNSVDLERLYSEVHLLKTLKHKNIIKFYNSWVDTRNEHINFITEIFTSGNLRQYRKKHKHVDVRALKKWSRQILEGLLYLHSHDPPVIHRDLKCDNIFVNGNQGEVKIGDLGLAAILEQARAAHSVIGTPEFMAPELYEEEYNELVDIYAFGMCLLELVTLEYPYIECANAAQIYKKVTAGIKPASLVKVKDP...
XP_057804257.1
MLQDSASEADPDEGDTEPEFVEVDPSGRYGRYREVLGKGAFKKVYKAFDELEGIEVAWNQVKVSDLLRNSVDLERLYSEVHLLKTLKHKNIIKFYNSWVDTRNEHINFITEIFTSGNLRQYRKKHKHVDVRALKKWSRQILEGLLYLHSHDPPVIHRDLKCDNIFVNGNQGEVKIGDLGLAAILEQARAAHSVIGTPEFMAPELYEEEYNELVDIYAFGMCLLELVTLEYPYIECANAAQIYKKVTAGIKPASLVKVKDP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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