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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001825

染色体: Chr04 坐标: 29794918-29797030 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001825
名称SmilChr04G001825
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At3g48250, chloroplastic
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向29794918 - 29797030 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131019694
GeneID131019694
locus_tag-
NCBI NameLOC131019694
原始查询SmilChr04G001825

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At3g48250, chloroplastic
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At3g48250%2C chloroplastic
ArabidopsisAT3G48250 (BIR6)
Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823983]
identity=51; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0970900
-
identity=45.6; qcov=0.862; evalue=2.56e-172; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding); GO:0008380 (RNA splicing)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF17177 (PPR_long); PF23276 (TPR_24)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131019694

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057804267.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057804267.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057804267.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057804267.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057804267.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:29795190 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A1,C23
Chr4:29795335 A AC 1bp_insertion frameshift_variant 1 B140
Chr4:29795335 A AC 1bp_insertion CDS_variant 1 B140
Chr4:29795904 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A21,B1
Chr4:29795922 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B53
Chr4:29795943 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B64
Chr4:29795995 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C37
Chr4:29796062 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C23
Chr4:29796270 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A21,B1
Chr4:29796390 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr4:29796483 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B117
Chr4:29796610 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B100,C85

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057804267.1
625 aa
N
1
312
625
PPR
PPR_long
TPR_24
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR_1
PPR
PPR_2
PPR_1
PPR
PPR
C
PF01535 PPR 268-298 aa PF17177 PPR_long 319-454 aa PF23276 TPR_24 355-469 aa PF01535 PPR 381-404 aa PF13041 PPR_2 386-421 aa PF13812 PPR_3 396-452 aa PF12854 PPR_1 404-436 aa PF01535 PPR 410-440 aa PF13041 PPR_2 418-455 aa PF12854 PPR_1 438-470 aa PF01535 PPR 446-475 aa PF01535 PPR 517-545 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057804267.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 268 298 2.9e-25 87.4 PPR repeat
XP_057804267.1 Pfam PF17177 PPR_long Repeat 319 454 8.6e-13 48.9 Pentacotripeptide-repeat region of PRORP
XP_057804267.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 355 469 2.3e-13 50.9 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057804267.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 381 404 2.9e-25 87.4 PPR repeat
XP_057804267.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 386 421 5e-46 155.3 PPR repeat family
XP_057804267.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 396 452 2e-16 60.5 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057804267.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 404 436 1.4e-26 92.6 PPR repeat
XP_057804267.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 410 440 2.9e-25 87.4 PPR repeat
XP_057804267.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 418 455 5e-46 155.3 PPR repeat family
XP_057804267.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 438 470 1.4e-26 92.6 PPR repeat
XP_057804267.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 446 475 2.9e-25 87.4 PPR repeat
XP_057804267.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 517 545 2.9e-25 87.4 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057948284.1
TCTAGTAGACTAACCCGCAGACCCGTATATTGAAACTCCCAGAAATCTAAAGATTCTAAACCCTTGCTAAACCTCAGAAATCCAATACAGAGAGCAGCCATGAATAATGCTAAGAGAATCCTGACTCACCACCGACTCGCTAACGCGCTCTACTCAACTCACCCCTCCACAGCTCGTTCCATTCAGAAACAGGTGATCCATCTGCCTCATTTCTCTACTTCATTACAGGTAAAAACCCGATCTTTAATTAATTTCAACTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131019694
ATGAATAATGCTAAGAGAATCCTGACTCACCACCGACTCGCTAACGCGCTCTACTCAACTCACCCCTCCACAGCTCGTTCCATTCAGAAACAGGTGATCCATCTGCCTCATTTCTCTACTTCATTACAGGTAAAAACCCGATCTTTAATTAATTTCAACTCCTACAATAAAAGGCTCTTCTTTTCATCAAAACCCGAATCATTTCTTGAGATATTTTCCTCCGATGATTGGCCTAATAAATTGGAGAAAGAGCTAAAGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057804267.1
MNNAKRILTHHRLANALYSTHPSTARSIQKQVIHLPHFSTSLQVKTRSLINFNSYNKRLFFSSKPESFLEIFSSDDWPNKLEKELKDSNLALTHETVVYVLKKLSKTPKNASRFLKWAVGEKGFEPNSSIYSLILRIYANKELMKEFWVTVKEMKIKGYYLDEETYRTICSTFRGLKMENEATALRHFYERLIQENVMEDRVKEVVDVIKSCKWGEEVESKLEEMEIKVSDNFMLRVFKELRGKGYPLRAHKFFKWAERS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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