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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001828

染色体: Chr04 坐标: 29811668-29813842 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001828
名称SmilChr04G001828
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g08070, chloroplastic-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向29811668 - 29813842 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131019698
GeneID131019698
locus_tag-
NCBI NameLOC131019698
原始查询SmilChr04G001828

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g08070, chloroplastic-like
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At1g08070%2C chloroplastic-like
ArabidopsisAT1G08070 (OTP82)
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837325]
identity=39.8; qcov=1.04; evalue=0; confidence=medium
RiceOs12g0109300
-
identity=44.3; qcov=0.836; evalue=3.14e-173; confidence=medium
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF14432 (DYW_deaminase); PF20430 (Eplus_motif); PF20431 (E_motif)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131019698

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057804270.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.40000 XP_057804270.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057804270.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057804270.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057804270.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:29811937 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C13
Chr4:29812177 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C87
Chr4:29812196 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C1
Chr4:29812214 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B125,B90,B92,C87
Chr4:29812645 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C73
Chr4:29812668 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A20,C54
Chr4:29812762 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A18,B53
Chr4:29812782 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B104,B12,B7,D10,D11
Chr4:29812863 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A18,B53
Chr4:29812940 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82
Chr4:29813070 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B104,B12,D10
Chr4:29813192 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B75

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057804270.1
702 aa
N
1
351
702
PPR_2
PPR
PPR
PPR
PPR_2
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR
PPR
E_motif
PPR
Eplus_motif
DYW_deaminase
C
PF13041 PPR_2 88-137 aa PF01535 PPR 92-118 aa PF01535 PPR 166-191 aa PF01535 PPR 194-224 aa PF13041 PPR_2 194-239 aa PF01535 PPR 267-293 aa PF13041 PPR_2 292-339 aa PF01535 PPR 295-324 aa PF01535 PPR 368-388 aa PF13041 PPR_2 394-440 aa PF13812 PPR_3 395-440 aa PF01535 PPR 397-425 aa PF01535 PPR 468-492 aa PF20431 E_motif 515-573 aa PF01535 PPR 538-563 aa PF20430 Eplus_motif 578-605 aa PF14432 DYW_deaminase 609-702 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057804270.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 88 137 1.2e-63 211.7 PPR repeat family
XP_057804270.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 92 118 5.5e-57 186.8 PPR repeat
XP_057804270.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 166 191 5.5e-57 186.8 PPR repeat
XP_057804270.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 194 224 5.5e-57 186.8 PPR repeat
XP_057804270.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 194 239 1.2e-63 211.7 PPR repeat family
XP_057804270.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 267 293 5.5e-57 186.8 PPR repeat
XP_057804270.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 292 339 1.2e-63 211.7 PPR repeat family
XP_057804270.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 295 324 5.5e-57 186.8 PPR repeat
XP_057804270.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 368 388 5.5e-57 186.8 PPR repeat
XP_057804270.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 394 440 1.2e-63 211.7 PPR repeat family
XP_057804270.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 395 440 3.3e-19 69.4 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057804270.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 397 425 5.5e-57 186.8 PPR repeat
XP_057804270.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 468 492 5.5e-57 186.8 PPR repeat
XP_057804270.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 515 573 8.1e-20 71.6 E motif
XP_057804270.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 538 563 5.5e-57 186.8 PPR repeat
XP_057804270.1 Pfam PF20430 Eplus_motif Motif 578 605 3e-07 30.8 E+ motif
XP_057804270.1 Pfam PF14432 DYW_deaminase Domain 609 702 8.3e-38 128.8 DYW family of nucleic acid deaminases

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057948287.1
AAGAAATGGTGTTCGCTCTTTCAACTTTTCCCTCCCATTTTCCAACGGCAAAAACCGCCATCCCCAAATTCCCAGAAAATCCGAAAACCTTGATTCTCGAAAAATGCAAGACAACCAAAGACCTCAACCAAGTGCACGCCAGCTTCATCAAAACCCGCCTCCTCCACCACCCCGCAGCGGCGGAGCCCCTCCTCGAGGCGGCGGCGCTCCTCCTCCCCGACTCCACCATCGACTACGCCTTCTCGATTTTCCGCACACTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131019698
ATGGTGTTCGCTCTTTCAACTTTTCCCTCCCATTTTCCAACGGCAAAAACCGCCATCCCCAAATTCCCAGAAAATCCGAAAACCTTGATTCTCGAAAAATGCAAGACAACCAAAGACCTCAACCAAGTGCACGCCAGCTTCATCAAAACCCGCCTCCTCCACCACCCCGCAGCGGCGGAGCCCCTCCTCGAGGCGGCGGCGCTCCTCCTCCCCGACTCCACCATCGACTACGCCTTCTCGATTTTCCGCACACTCGAACA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057804270.1
MVFALSTFPSHFPTAKTAIPKFPENPKTLILEKCKTTKDLNQVHASFIKTRLLHHPAAAEPLLEAAALLLPDSTIDYAFSIFRTLEHPDASAYNIMIRGFNKEQSFEKSILLFRQLIQHFVRPDPFTYSGILKACSKLVALKEGEQIHAHVLKSMDKLDRSEFVENSLVYMYASCGLLQSARKVFDEMSERSPVAWSSMFSGYARCGQWQEVVGLFRKMRKLGIRFNEVTLISVLKACGRLGDLGLGEWIDEYAAANGLL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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