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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001830

染色体: Chr04 坐标: 29826375-29831931 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001830
名称SmilChr04G001830
描述C2 and GRAM domain-containing protein At5g50170
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向29826375 - 29831931 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131019700
GeneID131019700
locus_tag-
NCBI NameLOC131019700
原始查询SmilChr04G001830

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述C2 and GRAM domain-containing protein At5g50170
产物C2 and GRAM domain-containing protein At5g50170
ArabidopsisAT5G50170 (AT5G50170)
C2 calcium/lipid-binding and GRAM domain containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835082]
identity=56; qcov=0.992; evalue=0; confidence=high
RiceOs06g0297800
-
identity=50.8; qcov=0.992; evalue=0; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF00168 (C2); PF02893 (GRAM); PF16016 (VASt)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131019700

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 0.80000 XP_057804273.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.60000 XP_057804274.1
3 Golgi apparatus 高尔基体 0.40000 XP_057804274.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057804273.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057804273.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:29826673 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 1 C4
Chr4:29826673 AT A 1bp_deletion CDS_variant 1 C4
Chr4:29826700 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B42
Chr4:29826718 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B42
Chr4:29826828 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B118,B65
Chr4:29826841 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C4
Chr4:29826846 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B46,B7
Chr4:29826856 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C4
Chr4:29827389 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B42,B43
Chr4:29827415 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 D11,D7
Chr4:29827907 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B125,B38,B39,C13,C41
Chr4:29828075 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 D11,D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057804273.1
1015 aa
N
1
508
1015
C2
VASt
C2
GRAM
VASt
C
PF00168 C2 16-93 aa PF16016 VASt 244-394 aa PF00168 C2 528-629 aa PF02893 GRAM 681-763 aa PF16016 VASt 851-993 aa
XP_057804274.1
866 aa
N
1
433
866
VASt
C2
GRAM
VASt
C
PF16016 VASt 95-245 aa PF00168 C2 379-480 aa PF02893 GRAM 532-614 aa PF16016 VASt 702-844 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057804273.1 Pfam PF00168 C2 Domain 16 93 2.9e-32 111.7 C2 domain
XP_057804273.1 Pfam PF16016 VASt Domain 244 394 7.9e-62 208.8 VAD1 Analog of StAR-related lipid transfer domain
XP_057804273.1 Pfam PF00168 C2 Domain 528 629 2.9e-32 111.7 C2 domain
XP_057804273.1 Pfam PF02893 GRAM Domain 681 763 1.3e-16 61.1 GRAM domain
XP_057804273.1 Pfam PF16016 VASt Domain 851 993 7.9e-62 208.8 VAD1 Analog of StAR-related lipid transfer domain
XP_057804274.1 Pfam PF16016 VASt Domain 95 245 4.9e-62 209.5 VAD1 Analog of StAR-related lipid transfer domain
XP_057804274.1 Pfam PF00168 C2 Domain 379 480 1.2e-14 55.1 C2 domain
XP_057804274.1 Pfam PF02893 GRAM Domain 532 614 1.1e-16 61.4 GRAM domain
XP_057804274.1 Pfam PF16016 VASt Domain 702 844 4.9e-62 209.5 VAD1 Analog of StAR-related lipid transfer domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XR_009100387.1
TTAGAATTCAACAAAGCCGAACTTTCTCCCAAAACCAACAAAATTTATTGGCTAAAACTCCAGAAACGAAACCGCCTTTTCCAACAAAATCGAAATTCCAGAAATACAACTATTTCTCTCTCTTTCTTCATCGTGTCACTCTCTGCACACATCCACGTATTTTCATAGCTTCACCAACAATCTCACCTTCATACTTTTCTATAACACTGCCGCTTCGCCAACCTCTTCCAAAATTCAGTTTACGCCTTTTTCTTTTTTTT...
XM_057948290.1
AGAATTCAACAAAGCCGAACTTTCTCCCAAAACCAACAAAATTTATTGGCTAAAACTCCAGAAACGAAACCGCCTTTTCCAACAAAATCGAAATTCCAGAAATACAACTATTTCTCTCTCTTTCTTCATCGTGTCACTCTCTGCACACATCCACGTATTTTCATAGCTTCACCAACAATCTCACCTTCATACTTTTCTATAACACTGCCGCTTCGCCAACCTCTTCCAAAATTCAGTTTACGCCTTTTTCTTTTTTTTTC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131019700
ATGAGGTTGTACGTGAACTTGCTGGAGGGCAGAGGTGGCGCGGTGAGGAACTCTTACGTGAAGCTGCAAGTCGGGAAACAGAAATCGAAGACGAGAATTTTGAAGAACACTGAAAACCCTGTTTGGAATGAGGAATTCGTTTTCAGAGTGCACGATTTGAACGATGAGCTGGTTGTTTCTGTGTACAAATGCGACGATCACGATCACGGGTTTTTTCATGTTTCCGCCGGAGATCTGGCGGGTCGGGTCAGGATTCCGGT...
LOC131019700
ATGTCTACTCATAACGGTCATGCATCTCCTCCTTCACACAGAAAGTCGAATGATGGGAAGCATTTGATGAAGGCACTTGCTGGTCGTTTGGAGAGACTCTTCCATAACAAGGATGAGGCACCACGAGACGAGACTTCCTCTGAACTGTCCACGCAGTCGGATAATGATCAAGACTGCGTGATGGAGACTTCTGATGACTCCAGCTTCGAAGAATCAATCGAACAGCTTCAGCATTCAAGGAATGAGAAGGGGGAAATGCC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057804273.1
MRLYVNLLEGRGGAVRNSYVKLQVGKQKSKTRILKNTENPVWNEEFVFRVHDLNDELVVSVYKCDDHDHGFFHVSAGDLAGRVRIPVWRVAEEEENLSLPPTWFAVEKAKNGKSVENDCGKLLLALSLHGRYQETLTESNNHLQLDDRIMSTHNGHASPPSHRKSNDGKHLMKALAGRLERLFHNKDEAPRDETSSELSTQSDNDQDCVMETSDDSSFEESIEQLQHSRNEKGEMPEDLQGGILLDQTYRVSPKDLNSVL...
XP_057804274.1
MSTHNGHASPPSHRKSNDGKHLMKALAGRLERLFHNKDEAPRDETSSELSTQSDNDQDCVMETSDDSSFEESIEQLQHSRNEKGEMPEDLQGGILLDQTYRVSPKDLNSVLFGPNSEFLRNLAEMQGTTDVQEEPWRWRSEGERSCLRRVVVYTKAATKLVKAVKATEEQTYVKVDRNEFAVRVRVSTPDVPYGNTFNVELLYKIMPGVMSSSERESARLVVSWAVTFSQTTMMKGMIESGARQGLKDNFEQFSTLLSQK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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